Identification des leptospires par Maldi-Tof

Maldi-Tof identification of Leptospira spp.
Chercheur principal Cyrille Goarant
Point focal IPNC Dominique Girault, Cyrille Goarant
Collaborateurs  IPNC Roman Thibeaux, Malia Kainiu, Julien Colot
Budget 1 000 euros Budget devoted to IPNC : NA
Financements IPNC
Agenda Date de début2015 Date de fin : 2019

Contexte

L’IPNC a acquis un automate de spectrométrie de masse couplé à un logiciel permettant, par comparaison avec une base de données de spectres de référence, l’identification des bactéries. Ce système, rapide et fiable, est maintenant utilisé en routine pour la microbiologie médicale. Nous avons voulu utiliser ce système pour identifier les bactéries du genre Leptospira.

Objectifs

Les objectifs étaient de créer une base de données de spectres de masse de souches de référence du genre Leptospira, puis d’utiliser celle-ci pour contrôler l’identification des souches utilisées pour la sérologie MAT ainsi que des souches inconnues.

Méthodes

Une revue bibliographique a permis d’identifier 3 équipes ayant créé des spectres de masse de bactéries du genre Leptospira. Les auteurs correspondants des articles ont été contactés et sollicités pour partager leur base de données de spectres de masse. Le Dr Anna Rettinger de l’Université de Munich a accepté de transmettre ses spectres de référence.

Nous avons également créé des spectres de référence de toutes les espèces connues. Des souches inconnues (isolats de patients) ou connues (souches du panel MAT de sérologie) ont ensuite été identifiées à l’aveugle.

Enfin, des isolats environnementaux de Nouvelle-Calédonie appartenant à des espèces nouvelles ont été analysés avec la même technique.

Résultats

Les essais préliminaires ont permis d’optimiser la technique de préparation des leptospires pour lecture de leur spectre de masse sur le Maldi-Tof Bruker. Les spectres de référence de souches représentant les 35 espèces connues de Leptospira ont été créés et regroupés dans une base de données « recherche » dédiée.

L’analyse à l’aveugle de souches montre une très bonne fiabilité pour l’identification au niveau de l’espèce, mais une précision insuffisante pour identifier au niveau individuel les souches utilisées comme antigènes pour la sérologie MAT. Les souches isolées de patients ont toutes été identifiées au niveau de l’espèce avec des scores élevés considérés comme diagnostiques.

Perspectives

La base de données de spectres de référence des Leptospira est en ce moment enrichie en continu pour inclure toutes les espèces validement décrites.

Valorisation 

Thibeaux R, Girault D, Bierque E, Soupé-Gilbert ME, Rettinger A, Douyere A, Meyer M, Iraola G, Picardeau M, Goarant C, 2018. Biodiversity of environmental Leptospira: improving identification and revisiting the diagnosis. Front. Microbiol. 9: 816.

Communication grand public par l’Institut Pasteur