MycoplasmaGen-fr

Project title  Prévalence de Mycoplasma genitalium chez les hommes consultant pour uréthrite.
Principal investigator Marion Patoureau and Patrick Blanco (Espas-CMP)
Focal point IPNC A. Tarantola
Collaborators at IPNC A. Tarantola
Other Collaborators J. Colot, M. Biron
Total budget of project 100 000 € Budget devoted to IPNC None
Funding IPNC / Province-Sud
Timeline Start date:

1st Aug 2016

 

 

End date :

December 2018

Context
The pathogenic role of Mycoplasma genitalium (MG) in non-gonococcal urethritis has recently been recognized. Azithromycin (1 gr. p.o.) is considered as the only effective drug for MG, a pathogen only identified in the early 1980s and the cause of 15-20% of non-gonococcal urethritis and 30% of recurring or persisting urethritis. Rising resistance to azithromycin has been documented. Patients referring for an STI, however, are not screened for MG. Its prevalence as a urethritis-causing pathogen and level of resistance to azithromycin are unknown in New Caledonia. Le rôle pathogène de Mycoplasma genitalium (MG) dans l’urétrite non gonococcique a récemment été reconnu. L’azithromycine (1 gr.p.o.) est considérée comme le seul traitement efficace contre MG, pathogène identifié seulement au début des années 1980 et responsable de 15 à 20% des urétrites non gonococciques et de 30% des urétrites récidivantes ou persistantes. Une résistance croissante à l’azithromycine a été documentée. Les patients référés pour une IST, ne sont cependant pas testés pour MG. Sa prévalence en tant qu’agent pathogène causant l’urétrite et le niveau de résistance à l’azithromycine sont inconnus en Nouvelle-Calédonie.
Objectives
The aim of this study is to estimate the prevalence of Mycoplasma genitalium among men referring for urethritis at the Southern Province walk-in clinic (ESPAS), associated risk factors, resistance profiles if any and the effectiveness of syndromic management. Le but de cette étude est d’estimer la prévalence de Mycoplasma genitalium chez les hommes adressés pour urétrite au centre de soin d’accès libre de la Province du Sud (ESPAS), les facteurs de risque associés, les éventuels profils de résistance et l’efficacité de la prise en charge syndromique.
Methodology
The medical team at ESPAS providing care for men who refer for urethritis complete an anonymized, standardized questionnaire. The data are entered in a computerized datasheet (EpiData), currently being validated by the entry of the first 60 questionnaires. The data will be analyzed by IPNC’s Epidemiology unit. L’équipe médicale de l’ESPAS qui prend en charge les hommes se présentant avec une’urétrite remplit un questionnaire anonymisé et standardisé. Les données sont saisies dans une fiche informatisée (EpiData), en cours de validation par l’entrée des 60 premiers questionnaires. Les données seront analysées par l’unité d’épidémiologie de l’IPNC.
Preliminary results
Validation of the EpiData computerized database Validation de la base de données informatique réalisée sur EpiData
Perspectives
Identifying risk factors associated with urethritis caused by Mycoplasma genitalium to establish a risk profile which will help guide diagnostic management Identifier les facteurs de risque associés avec une uréthrite due à MG pour établir un profile de risque permettant de guider la démarche diagnostique.

Diversité des leptospires en Nouvelle-Calédonie

Une biodiversité des leptospires inattendue dans les sols de Nouvelle-Calédonie
Principal investigateur Cyrille Goarant
Point Focal IPNC Roman Thibeaux, Cyrille Goarant
Collaborateurs IPNC Marie-Estelle Soupé-Gilbert, Dominique Girault, Emilie Bierque
Autres Collaborateurs Mathieu Picardeau, IP Paris,

Gregorio Iraola and Ignacio Ferres, IP Montevideo

Michael Meyer et Anthony Douyère, Université de la Nouvelle-Calédonie

Anna Rettinger, Ludwig Maximilian University of Munich, Munich

Budget 3000 € Budget devoted to IPNC : NA
Financement IPNC
Agenda Début: 2016 Fin: 2018

Contexte

Suite à la mise en évidence de la survie environnementale des leptospires pathogènes sur des sites de contamination humaine en Nouvelle-Calédonie, des isolements de Leptospira ont été entrepris.

Les souches infectantes n’ont pas été ré-isolées de l’environnement, mais un nombre important d’isolats a toutefois été obtenu. Les difficultés d’identification (MALDI-TOF, séquençage ARNr 16S) nous ont amené à suspecter des espèces nouvelles et à entreprendre le séquençage de leur génome complet.

Objectifs

Réaliser une étude génomique des leptospires isolés des sols Calédoniens.

Méthodes

Les isolements ont été réalisés sur le terrain à partir de prélèvements de sols ou d’eau. Les cultures liquides en milieu EMJH sont supplémentées avec une combinaison d’antibiotiques décrite pour sélectionner la croissance des leptospires (Chakraborty et al, 2011). Les cultures sont ensuite étalées sur du milieu EMJH gélosé pour l’isolement.

Les isolats sont identifiés au MALDI-TOF et par séquençage de leur génome complet. Les souches des clusters pathogène et intermédiaire sont testées en modèle animal.

Résultats

Plus de 100 isolats environnementaux ont été obtenus. Les 26 premières souches pour lesquelles le génome complet a été séquencé ont permis de montrer la présence de 12 nouvelles espèces : 3 dans le cluster des pathogènes, 5 dans les intermédiaires et 4 saprophytes.

Les souches du cluster des pathogènes se sont montrées incapables de provoquer une infection aigue chez le hamster ou un portage rénal chez la souris.

Une comparaison détaillée des core génomes et des génomes accessoires supporte l’hypothèse d’un groupe polyphylétique de leptospires peu virulents au sein du cluster des pathogènes. Ce résultat suggère, en terme d’évolution, que la virulence a été acquise indépendamment dans les deux clades pathogènes et intermédiaires.

Les résultats obtenus lors des identifications sur le MALDI-ToF confirment la valeur de cet outil pour l’identification des isolats de leptospires au niveau spécifique. La base de données de spectres de référence a été rendue publique dans le cadre d’une des publications.

Perspectives

La meilleure connaissance de la biodiversité des leptospires telluriques en Nouvelle-Calédonie contribuera d’une part à mieux comprendre l’écologie de ces bactéries. D’autre part, la disponibilité de leurs génomes complets permettra aussi d’améliorer les outils de diagnostic moléculaire de la leptospirose humaine et animale.

Les résultats préliminaires des autres isolats suggèrent d’autres nouvelles espèces.

Valorisation 

Vincent AT, Schiettekatte O, Goarant C, Neela VK, Bernet E, Thibeaux R, Ismail N, Mohd Khalid MK, Amran F, Masuzawa T, Nakao R, Amara Khorba A, Bourhy P, Veyrier FJ, Picardeau M, 2019. Revisiting the taxonomy and evolution of pathogenicity of the genus Leptospira through the prism of genomics. PLoS Negl Trop Dis 13: e0007270.

Thibeaux R, Iraola G, Ferrés I, Bierque E, Girault D, Soupé-Gilbert ME, Picardeau M, Goarant C, 2018. Deciphering the unexplored Leptospira diversity from soils uncovers genomic evolution to virulence. Microbial Genomics 4: 000144.

Communication grand public par l’Institut Pasteur

Thibeaux R, Iraola G, Ferrés I, Bierque E, Girault D, Soupé-Gilbert ME, Picardeau M, Goarant C. Of soils, Leptospira and humans. Présentation orale à la conférence de l’ILS, Palmerston North, NZ, November 2017.

Thibeaux R, Girault D, Bierque E, Soupé-Gilbert ME, Rettinger A, Douyere A, Meyer M, Iraola G, Picardeau M, Goarant C, 2018. Biodiversity of environmental Leptospira: improving identification and revisiting the diagnosis. Front. Microbiol. 9: 816.

Communication grand public par l’Institut Pasteur

 

REAGIR-fr

Acronym: REAGIR Resistance aux Pyrethroides d’Aedes aegypti : évaluation de nouveaux  insecticides candidats et étude du phénomène de réversion.
Principal investigator Isabelle DUSFOUR (Institut Pasteur de la Guyane).
Focal point IPNC Nicolas POCQUET
Collaborators at IPNC Laurent GUILLAUMOT, Morgane POL, Sosiasi KILAMA, Marine MINIER.
Other Collaborators Fabrice CHANDRE (IRD), Jean-Philippe DAVID (LECA)
Total budget of project 199 450 € Budget devoted  to IPNC : 54 746 €
Funding The National Agency for Food Safety, Environment and Work (ANSES)
Timeline Start date:
Ending 2014
End date:
End of 2017  (extended to 2018)

Contexte

Aedes aegypti est un moustique d’une importance médicale majeure en zone intertropicale, où il transmet notamment les virus de la dengue du chikungunya et du Zika. En absence de vaccins ou de traitement efficace contre ces arboviroses, le contrôle des populations d’Ae. aegypti reste indispensable. La lutte contre cette espèce est en grande partie basée sur l’utilisation d’insecticides, dont l’efficacité est aujourd’hui compromise du fait du développement de résistances aux insecticides. En dépit de l’impact de ces résistances sur l’efficacité des traitements de lutte anti-vectorielle, il n’existe que très peu de données sur l’évolution de ces résistances en l’absence de pression insecticide.

Objectifs

Dans un contexte de forte résistance d’Ae. aegypti aux insecticides dans la plupart des territoires français d’outre-mer, ce projet vise à (i) identifier de nouvelles substances actives utilisables et (ii) mieux comprendre l’évolution de la résistance aux pyréthrinoïdes au sein des populations de cette espèce soumissent à différentes pressions de sélection.

Méthodes

Tâche 1 : échantillonnage des populations et évaluation de leurs niveaux de résistance à la deltaméthrine.

Tâche 2 : criblage de nouveaux adulticides par bio-essais sur des souches d’Ae. aegypti de laboratoires.

Tâche 3 : évaluation des possibilités de réversion de la résistance à la deltaméthrine. Quatre lignées sont élevées en parallèle sur une dizaine de générations et sous différentes conditions de pression insecticide.

Tâche 4 : évaluation de la contre-sélection de la résistance à la deltaméthrine sur des lignées résistantes soumises à deux nouvelles molécules insecticides (identifiées en tâche 2).

Tâche 5 : suivi de l’évolution de la résistance à la deltaméthrine et des mécanismes impliqués (i.e. mutation de cible, expression des gènes de détoxication) sur les lignées expérimentales des tâches 3 et 4.

Résultats

Les populations de Guyane se sont avérées beaucoup plus résistantes à la deltaméthrine que celles de Nouvelle-Calédonie (NC). En absence de pression insecticide, le niveau de résistance à la deltaméthrine n’a que faiblement diminué en NC. En revanche, l’introduction régulière d’individus sensibles a eu un effet bénéfique sur la réduction du niveau de résistance. Le suivis des mécanismes de résistance montre une faible implication des mutations kdr en NC (1011M et 1534C), mais une nette corrélation entre les niveaux de résistance et d’expression de certaines oxydases, notamment CYP9J28. Malheureusement, la majorité des candidats insecticides ce sont avérés peux efficaces en Tâche 2.

Perspectives

Le projet souhaite apporter des réponses aux problématiques auxquelles sont confrontés les opérateurs de la Lutte Anti-Vectorielle dans le monde, à savoir le faible nombre de molécules utilisables et le développement de résistances aux pyréthrinoïdes. A terme, ce projet pourrait permettre de proposer une stratégie de gestion de la résistance à cette famille d’insecticide chez Ae. aegypti.

VecPae

Acronym : VECPAE Les vecteurs des arboviroses dans le Pacifique: diversité, distribution et outils d’identification d’ Aedes sp. pour la santé publique.
Chercheur principal Nicolas POCQUET
Point focal IPNC Nicolas POCQUET
Collaborateurs IPNC Morgane POL, Sosiasi KILAMA, Myrielle DUPONT-ROUZEYROL.
Autres Collaborateurs Hervé BOSSIN (ILM), Van-Mai CAO-LORMEAU (ILM), Mike KAMA (MoH Fiji), Esau NAKET (MoH Vanuatu), Matthew SHORTUS (WHO)
Budget 60 000€ Budget devoted to IPNC: 60 000€
Financement Pacific Fund (30 000€), IPNC (30 000€)
Agenda Date de début : Oct. 2017 Date de fin: Mars 2019
Contexte
Les maladies à transmission vectorielle constituent un problème majeur de santé publique dans le Pacifique. En plus de la dengue, ces cinq dernières années ont vu l’émergence des virus du chikungunya et du Zika dans le Pacifique Sud. Ces différents virus sont transmis par des moustiques du genre Aedes (sous-genre Stegomyia) dont un grand nombre d’espèces sont présentes dans le Pacifique. Identifier ces espèces dans les différents Etats et Territoires Insulaires Océaniens (ETIOs) est un préalable indispensable à l’évaluation du risque pour la population et à l’élaboration d’une stratégie de lutte adaptée. Malheureusement, la plupart de ces espèces appartiennent au groupe scutellaris et sont morphologiquement très semblables. Leurs identifications nécessitent donc une expertise importante qui n’est pas toujours disponible sur place.
Objectifs
Le présent projet propose de répondre à ce besoin en i) renforçant les capacités d’identification des moustiques Aedes vecteurs dans les territoires partenaires (Vanuatu et Fidji), ii) en mettant à jour les connaissances sur la distribution des vecteurs d’arbovirus au Vanuatu, à Fidji, en Polynésie Française et en Nouvelle-Calédonie, et iii) en développant un outil d’identification rapide de ces moustiques vecteurs à destination de l’ensemble des ETIOs, basé sur l’utilisation des outils modernes d’identification (Biologie Moléculaire et Spectrométrie de masse Maldi-Tof).
Méthodes
 

Tâche 1: Transfert de compétence. Deux missions de formation en entomologie seront réalisées à Fidji et au Vanuatu.

Tâche 2 : Distribution des vecteurs. Lors de ces missions à Fidji et au Vanuatu, un inventaire des espèces d’Aedes du groupe scutellaris sera réalisé. Le même type d’inventaire sera réalisé en Nouvelle-Calédonie et en Polynésie Française respectivement par l’IPNC et l’ILM. Les moustiques collectés seront identifiés et conservés pour la suite du projet.

Tâche 3 : Développement d’un outil d’identification. Cette partie du projet vise à développer un outil rapide et fiable d’identification des espèces d’Aedes du groupe scutellaris. Pour cela, le séquençage d’un gène permettant la différentiation des espèces entre elles sera réalisé pour des individus de chaque espèce et de chaque localité, capturés lors des missions de terrain. Grâce aux séquences obtenues, une PCR en temps-réel en point final sera développée, afin de disposer d’un outil d’identification plus rapide et moins couteux que le séquençage.

Enfin, un outil d’identification rapide sera développés grâce à la spectrométrie de masse Maldi-Tof. Cet outil permet d’obtenir un spectre protéique spécifique d’une espèce, et ce en un temps très court et pour un coût relativement faible

Résultats attendus
A l’issue du projet, nous disposerons donc d’une base de données associant, pour plusieurs individus de chaque espèce retrouvée, i) description morphologique, ii) séquence du gène d’intérêt et iii) profil protéique généré en spectrométrie de masse.
Perspectives
Ce partenariat Fidji, Vanuatu, Polynésie Française et Nouvelle-Calédonie dans un premier temps, qui pourra par la suite être étendu aux autres ETIOs, permettra d’anticiper le risque sanitaire pour la région.

Convention de transfert d’activité et de mutualisation de moyens

Le lundi 22 mai 2017 le directeur général de l’Institut Pasteur et le directeur du Centre hospitalier territorial  se sont retrouvés à Paris pour la signature de la convention de transfert d’activité et de mutualisation de moyens,.

L’objet de la convention est :

  • de prendre acte du transfert des activités du Laboratoiresignature6 de Biologie Médicale et du Laboratoire d’Hygiène Environnement, réalisé le 1° novembre 2016 et d’en sécuriser les conséquences
  • de définir les modalités de collaboration et de mutualisation des moyens entre l’IPNC et le CHT au regard des missions de l’IPNC telles que résultant de la convention du 28 décembre 1989 modifiée par avenant en date du 1° mars 2017.