1. Contexte et justifications
Parmi les infections sexuellement transmissibles (IST),
Neisseria gonorrhoeae (NG) est un des agents infectieux les plus fréquemment impliqués.
Depuis plus de 5 ans, les souches de
Neisseria gonorrhoeae isolées par le Laboratoire d’Analyses Médicales (LABM) de l’Institut Pasteur de
Nouvelle-Calédonie (IPNC) sont sensibles aux antibiotiques.
A partir de 2008, l’IPNC avec le soutien financier de la DASS, a créé un réseau de surveillance des gonocoques (RESGO) qui, avec la participation
les laboratoires privés et les établissements hospitaliers du Nord, permet d’avoir une vision représentative de la situation dans le pays. Grâce à
ce réseau de surveillance, deux souches résistantes à la pénicilline et aux quinolones ont pu être détectées et des actions ont été
entreprises très rapidement pour limiter leur diffusion dans le territoire.
En l’absence de circulation de souches produisant des béta-lactamases, mise en évidence par des tests à la céfinase négatifs, le Laboratoire de
Recherche en Bactériologie de l’IPNC a développé une technologie de génotypage des déterminants chromosomiques de la résistance à
la pénicilline chez les gonocoques pour mieux caractériser ce phénomène. Cette technique moléculaire présente en outre l’avantage de pouvoir
éventuellement être mise en œuvre sur des souches non viables transmises par des laboratoires extérieurs distants. L’étude de la présence et de
la prévalence de ces mutations de gènes chromosomiques ainsi que de leur évolution temporelle a permis de maintenir la recommandation d’un traitement des infections
gonococciques par la pénicilline et d’en informer la communauté médicale de NC (article dans le Bulletin Médical Calédonien et Polynésien en 2007).
Les quinolones étant recommandées dans le traitement des gonocoques résistants à la pénicilline, nous avons également développé une
technologie permettant de rechercher les déterminants de la résistance sur les 2 gènes impliqués : gyrA et parC.
2. Méthodologie de l’étude
Isolement des souches par le LABM de l’IPNC ou collecte de souches documentées auprès de laboratoires extérieurs (laboratoires privés, provinciaux,
hospitaliers du Nord…), même non viables.
Antibiogramme classique au LABM de l’IPNC.
Complément phénotypique : détermination précise des CMI pour la pénicilline G et la ciprofloxacine par la technique des E-Tests.
Détermination moléculaire des génotypes des déterminants de la résistance à la pénicilline (penA, penB, ponA, mtrR)
et aux quinolones (gyrA, parC) par génotypage sur une plateforme de PCR en temps réel.
Analyse des résultats en regard de l’évolution temporelle des phénotypes et des génotypes recueillis depuis 2006 à l’IPNC et de l’origine
des souches.
3. Bilan de l’année 2009
En 2009, au total 134 souches de gonocoques ont été étudiées dont 13 souches du réseau RESGO. Ces souches proviennent de 69 femmes et 65 hommes,
âgés de 15 à 50 ans (moyenne 24,8 ans). Il est à noter, en dehors de souches d’origine génitale, une souche d’origine anale, une issue d’un
liquide d’ascite ainsi qu’une provenant d’une hémoculture.
3.1 Phénotypes observés au cours de l’année 2009
Il est à noter qu’une seule souche présentant un profil de résistance différent des souches calédoniennes a été isolée au cours de
cette année 2009, souche de sensibilité intermédiaire à la pénicilline et résistante aux quinolones. Sa détection rapide a permis de
déterminer qu’elle avait été importée d’Australie et, très vraisemblablement, d’en éviter la diffusion en Nouvelle-Calédonie.
La répartition des phénotypes de ces souches concernant leur sensibilité à la pénicilline est décrite dans le graphique suivant (figure 1).
Figure 1 : Phénotypes de sensibilité à la pénicilline G des N. gonorrhoeae isolés à l’IPNC depuis 2006
On constate avec satisfaction que la proportion des souches de sensibilité intermédiaire à la pénicilline n’a pas augmenté mais aurait même
plutôt tendance à diminuer.
La plupart des souches de gonocoques isolées à l’IPNC proviennent du Centre Médical Polyvalent (CMP) ESPAS-CMP. Les praticiens de ce centre utilisent, en
première intention, un traitement à la pénicilline. Ils sont donc tout particulièrement vigilants à la sensibilité des souches de gonocoques
à cet antibiotique. On constate (figure 2) que la proportion de souches à sensibilité intermédiaire n’est pas significativement différente entre
les patients du CMP et hors CMP (25,4 % versus 31%).
Figure 2 : Phénotypes de sensibilité à la pénicilline G des N. gonorrhoeae isolés à l’IPNC en 2009 suite à des prescriptions de l’ESPAS-CMP ou des autres prescripteurs.
3.2 Génotypage des déterminants chromosomiques de la résistance
Le génotypage a été réalisé sur 128 des 134 souches collectées en 2009. La souche d’origine australienne qui présentait une
résistance aux (fluoro)quinolones était porteuse d’une double mutation sur le gène gyrA (S91F/D95N) ainsi que d’une mutation sur le gène parC
(S87R).La totalité des autres souches était sensible et ne présentait pas d’altération de séquence dans les régions déterminant la
résistance aux quinolones (QRDR) de ces 2 gènes.
Aucune souche productrice de pénicillinase n’ayant été mise en évidence dans ces isolats, les diminutions de sensibilité à la pénicilline
doivent être liées à des mutations chromosomiques, décrites pour affecter 4 gènes : les gènes penA et ponA des protéines liant la
pénicilline (PLP 1 et 2), le gène penB de la porine, spécialement son allèle porB1b et le gène mtrR du répresseur
contrôlant l’expression de la pompe à efflux MtrCDE. Ces déterminants ont été génotypés.
Les mutations des gènes penA et ponA sont assez fréquentes en Nouvelle-Calédonie, comme le montre la figure 3 ci-dessous.
Figure 3 : Fréquence des mutations observées sur les gènes penA (A) et ponA (B) dans les gonocoques isolés depuis 2006 en Nouvelle-Calédonie
On n’observe pas d’augmentation inquiétante, depuis 2006, de la fréquence de ces mutations dans les isolats calédoniens.
La principale mutation responsable d’une augmentation de l’efflux par le système MtrCDE chez les gonocoques est la délétion d’un « A »
dans la région promotrice du gène du répresseur MtrR. Cette mutation, qui confère une forte diminution de sensibilité à la pénicilline
lorsque la porine est altérée, ne circule pas en Nouvelle-Calédonie. Cette mutation bien décrite et circulant largement au niveau mondial n’a été
retrouvée (voir figure 4 ci-dessous) que dans l’isolat identifié comme provenant d’Australie.
Figure 4 : Mutations observées sur le promoteur du gène mtrR dans les gonocoques isolés en 2009 en Nouvelle-Calédonie
Néanmoins, une autre altération de la séquence de ce promoteur, en cours de description, consiste en l’ajout d’un « T » dans cette même
région promotrice de mtrR. Cette mutation, assez fréquente en Nouvelle-Calédonie (17,2% en 2009), ne confère toutefois pas une baisse aussi importante de
sensibilité.
Enfin, le génotypage de la porine permet à la fois de déterminer la prévalence de chacun des allèles porB1a et porB1b
et de génotyper porB1b, allèle dont les mutations ont été montrées induire une baisse de sensibilité à la pénicilline.
L’allèle porB1a, connu quant à lui pour favoriser les infections profondes, est retrouvé chez 15% des gonocoques isolés en 2009 en
Nouvelle-Calédonie. Cette fréquence est comparable à celle d’autres pays développés et plus faible que la fréquence retrouvée dans des
pays moins développés (par exemple 40% à Madagascar ou au Cambodge).
Figure 5 : Fréquences respectives des allèles porB1a et porB1b de la porine dans les gonocoques isolés en 2009 en
Nouvelle-Calédonie
Cette fréquence est relativement stable depuis plusieurs années.
L’évolution de la fréquence des différents génotypes de la porine porB1b est présentée dans la figure 6 suivante.
Figure 6 : Fréquences des génotypes de l’allèle porB1b de la porine dans les gonocoques isolés en 2009 en
Nouvelle-Calédonie.
Pour les allèles porB1b, les génotypes circulant en Nouvelle-Calédonie sont retrouvés avec une fréquence proche de celle des
dernières années. Une seule souche (souche importée d’Australie) comporte une double mutation conférant une forte baisse de sensibilité
(KN pour G101K/A102N). Les génotypes ne conférant pas de baisse de sensibilité (G101/A102 génotype sauvage et DA pour G101D) sont retrouvés chez 57% des
souches portant l’allèle porB1b. La fréquence de la simple mutation GS (pour A102S), mutation décrite en Nouvelle-Calédonie et
conférant une baisse modérée de la sensibilité à la pénicilline semble toutefois progresser de façon régulière depuis 2006.
4. Conclusion
Les souches de gonocoques circulant en Nouvelle-Calédonie sont le plus souvent sensible aux antibiotiques, ce qui constitue, au regard de la situation mondiale ou des pays voisins,
un statut sanitaire privilégié. La surveillance phénotypique et moléculaire de la sensibilité de ce germe ainsi qu’une bonne réactivité
des acteurs impliqués ont permis, jusqu’à maintenant, de conserver ce statut. Depuis 2008 notamment, la collecte et la caractérisation de souches isolées par
les autres laboratoires, ce suivi de la résistance de ce germe atteint un très bon niveau de couverture. Au cours des dernières années, plusieurs souches
résistantes, résultant d’importations, ont été mises en évidence rapidement et la réactivité des différents interlocuteurs a permis
d’éviter leur diffusion en Nouvelle-Calédonie.
Le suivi maintenant pluriannuel ne montre pas d’évolution inquiétante des fréquences des mutations des différents gènes impliqués dans la
résistance d’origine chromosomique aux antibiotiques. La progression de la fréquence de la mutation A102S de la porine porB1b fera l’objet d’une
surveillance particulière, parallèlement à la vigilance sur des souches importées.
Les résultats du suivi de l’année 2009 n’impliquent donc pas de modifier la recommandation d’un traitement de première intention par la pénicilline.
