Génétique et vulnérabilités face à la grippe dans le Pacfique

En réponse à une revue de l’épidémiologie très particulière qu’a été celle de la grippe humaine en 1918-1920 dans le Pacifique, notamment comparée à l’évolution en Europe et en Amérique du Nord à l’époque, notre équipe a souligné le rôle possible de l’évolution du virus grippal. Le rôle joué par les susceptibilités génétiques pourrait avoir été encore plus important, faisant payer aux populations Océaniennes d’ascendance non-Européenne, non-Asiatique un tribut disproportionnément élevé à la grippe au cours des pandémies successives. Cette lettre est accessible ici.

S’ils existent, l’identification de marqueurs génétiques de vulnérabilité face à la grippe sévère pourrait permettre une meilleure identification voire une prise en charge mieux ajustée des patients ou populations aux risques les plus élevés. L’équipe se mobilise pour mettre en oeuvre un projet de recherche sur ce thème important pour les populations de Nouvelle-Calédonie.

L’étude Lepto-R

La leptospirose est une zoonose mondiale infectant >1 million personnes/an. Les humains se contaminent directement ou indirectement avec les leptospires présents chez les mammifères (surtout les rongeurs). La présentation clinique peut aller d’une forme asymptomatique – le cas le plus fréquent – à une défaillance multi-viscérale sévère avec une létalité>5%. L’atteinte rénale initiale est fréquente et peut nécessiter une dialyse rénale, mais ses conséquences sur la fonction rénale à long terme sont moins connues.

Menée en étroite coopération entre le CHT et l’IPNC, l’étude Lepto-R est à la fois rétrospective chez les patients hospitalisés avec leptospirose confirmée depuis 2016 et prospective sur les patients hospitalisés à partir du 1er janvier 2018, avec un suivi poursuivi à M6, M12 et M24. Lepto-R étudie la présentation clinique et biologique de la maladie rénale aiguë et chronique associée à la leptospirose. Après consentement, des investigations biochimiques, immunitaires et génétiques seront menées sur le sang et les urines pour tenter de mieux comprendre la physiopathologie de l’atteinte rénale en particulier résiduelle afin de mieux la prévenir.

L’étude Lepto-R vise donc à identifier les principaux facteurs cliniques ou biologiques étroitement associés à la survenue de complications, à l’insuffisance rénale aiguë, à l’insuffisance rénale chronique ou au décès, dans le but de mieux identifier les patients nécessitant un suivi ou une prise en charge encore plus attentifs. Cette étude principale est associée à deux sous-études cliniques et une étude sur la réponse immunitaire chez des patients hospitalisés pour leptospirose en Nouvelle-Calédonie.

La leptospirose en Nouvelle-Calédonie a été responsable entre 2016-2018 de plus de 230 formes symptomatiques, 135 hospitalisations dont 80 insuffisances rénales aiguës avec parfois une maladie rénale chronique, et 9 décès. Elle constitue un enjeu de Santé Publique justifiant des études approfondies menées conjointement par l’Institut Pasteur, la DASS et le CHT.

MycoplasmaGen-fr

Project title  Prévalence de Mycoplasma genitalium chez les hommes consultant pour uréthrite.
Principal investigator Marion Patoureau and Patrick Blanco (Espas-CMP)
Focal point IPNC A. Tarantola
Collaborators at IPNC A. Tarantola
Other Collaborators J. Colot, M. Biron
Total budget of project 100 000 € Budget devoted to IPNC None
Funding IPNC / Province-Sud
Timeline Start date:

1st Aug 2016

 

 

End date :

December 2018

Context
The pathogenic role of Mycoplasma genitalium (MG) in non-gonococcal urethritis has recently been recognized. Azithromycin (1 gr. p.o.) is considered as the only effective drug for MG, a pathogen only identified in the early 1980s and the cause of 15-20% of non-gonococcal urethritis and 30% of recurring or persisting urethritis. Rising resistance to azithromycin has been documented. Patients referring for an STI, however, are not screened for MG. Its prevalence as a urethritis-causing pathogen and level of resistance to azithromycin are unknown in New Caledonia. Le rôle pathogène de Mycoplasma genitalium (MG) dans l’urétrite non gonococcique a récemment été reconnu. L’azithromycine (1 gr.p.o.) est considérée comme le seul traitement efficace contre MG, pathogène identifié seulement au début des années 1980 et responsable de 15 à 20% des urétrites non gonococciques et de 30% des urétrites récidivantes ou persistantes. Une résistance croissante à l’azithromycine a été documentée. Les patients référés pour une IST, ne sont cependant pas testés pour MG. Sa prévalence en tant qu’agent pathogène causant l’urétrite et le niveau de résistance à l’azithromycine sont inconnus en Nouvelle-Calédonie.
Objectives
The aim of this study is to estimate the prevalence of Mycoplasma genitalium among men referring for urethritis at the Southern Province walk-in clinic (ESPAS), associated risk factors, resistance profiles if any and the effectiveness of syndromic management. Le but de cette étude est d’estimer la prévalence de Mycoplasma genitalium chez les hommes adressés pour urétrite au centre de soin d’accès libre de la Province du Sud (ESPAS), les facteurs de risque associés, les éventuels profils de résistance et l’efficacité de la prise en charge syndromique.
Methodology
The medical team at ESPAS providing care for men who refer for urethritis complete an anonymized, standardized questionnaire. The data are entered in a computerized datasheet (EpiData), currently being validated by the entry of the first 60 questionnaires. The data will be analyzed by IPNC’s Epidemiology unit. L’équipe médicale de l’ESPAS qui prend en charge les hommes se présentant avec une’urétrite remplit un questionnaire anonymisé et standardisé. Les données sont saisies dans une fiche informatisée (EpiData), en cours de validation par l’entrée des 60 premiers questionnaires. Les données seront analysées par l’unité d’épidémiologie de l’IPNC.
Preliminary results
Validation of the EpiData computerized database Validation de la base de données informatique réalisée sur EpiData
Perspectives
Identifying risk factors associated with urethritis caused by Mycoplasma genitalium to establish a risk profile which will help guide diagnostic management Identifier les facteurs de risque associés avec une uréthrite due à MG pour établir un profile de risque permettant de guider la démarche diagnostique.