Santé Publique/Surveillance

Expertise Pacifique pour la surveillance des arbovirus

Chefs de projet : O. O’Connor et M. Dupont-Rouzeyrol

Le personnel de l’URE-DA apportent son soutien aux pays partenaires de la région au travers de différentes actions : soutien aux laboratoires lors d’évènements régionaux, formations théoriques et/ou pratiques de personnes, et apport d’expertise le cas échéant.

Ainsi, un appui pour la surveillance de la circulation des arbovirus lors des Mini-Jeux du Pacifique au Vanuatu en 2017, et des Jeux du Pacifique aux Samoa en 2019, a été mis en œuvre avec le déploiement sur site de membres de l’URE-DA accompagnés d’un « laboratoire mobile » permettant de réaliser les analyses complémentaires à celles du pays d’accueil. Lors de ces déplacements, des formations ont pu être dispensées aux personnes sur place.

En 2022-2023, l’URE-DA a notamment participé au renforcement des capacités de laboratoires de six pays de la région Pacifique par le transfert des techniques de détection précoce des arboviroses suivantes : dengue, chikungunya et Zika. Ce transfert de compétence a été réalisé en collaboration avec le Fidji CDC.

Grâce à ses collaborations avec les pays de la région, l’UREDA mène des études phylogénétiques sur les souches d’arbovirus qui circulent dans la région afin de mieux caractériser les dynamiques de diffusion de ces virus.

Financement : OMS, CPS


SPOP : Surveillance Génomique des Pathogènes , un nouvel outil pour une approche « Une Seule Santé dans le Pacifique »

Porteur de projet: Myrielle Dupont-Rouzeyrol

Collaborateurs IPNC : Catherine Inizan, Clément Tanvet, Alexandre Bourles, Roman Thibeaux, Olivia O’Connor

Partenaires : IAC, DASS-NC, DAVAR, CHT, CPS, ESR New Zealand, Doherty Institute

Dates : Juillet 2023 – Décembre 2024

La région Pacifique doit développer la recherche et les initiatives en génomique des pathogènes afin de mieux anticiper les risques épidémiques et favoriser des réponses précoces face à ces nouveaux défis. C’est dans ce but que nous proposons la tenue de ce colloque.

L’ objectif du colloque SPOP est de réunir les acteurs de la recherche, de la santé et de la santé publique humaine, animale et environnementale, impliqués ou intéressés par la conduite de programmes de recherche et surveillance dans la région Pacifique en lien avec la surveillance génomique dans un concept « Une Seule Santé ».

Ce colloque contribuera à renforcer les liens entre la Nouvelle-Calédonie et les pays de la région. Une attention particulière sera portée à la représentativité de la diversité des pays et territoires du Pacifique ainsi qu’à la diversité des secteurs publiques impliqués. Avec ce colloque, nous espérons favoriser les échanges et développer une communauté scientifique océanienne qui sera sensibilisée aux intérêts de la mise en place d’une surveillance génomique des pathogènes intégrant les composantes humaines, animales et environnementales.

Financement : Fonds Pacifique, CPS, Pasteur Network, ANRS-MIE, CRESICA, AFRAN, Ambassade de France en Nouvelle-Zélande, Institut Pasteur Nouvelle-Calédonie


PIANO : Immunité des Populations du Vanuatu et de Nouvelle-Calédonie contre les maladies transmises par des moustiques

Chef de projet : Myrielle Dupont-Rouzeyrol

Collaborateurs IPNC : Karl Huët, Anne-Fleur Griffon, Olivia O’Connor, Catherine Inizan

Partenaires : ASS-NC, CPS, OMS, Ministère de la Santé du Vanuatu

Dates : Juillet 2021 – Décembre 2024

Les virus transmis par les arthropodes (arbovirus) font partie des pathogènes émergents les plus importants et constituent une préoccupation de santé publique dans la région du Pacifique. Leur fréquence a augmenté au cours des dernières décennies, probablement en raison du changement climatique et des mobilités humaines. De plus, les données épidémiologiques et biologiques concernant ces maladies ne sont pas toujours disponibles ou sont souvent incomplètes. Afin de fournir aux autorités sanitaires des éléments pour évaluer le risque de maladies à transmission vectorielle en Nouvelle-Calédonie et au Vanuatu, une enquête de séroprévalence a été menée en 2021-2023.

En Nouvelle-Calédonie, 750 volontaires sains âgés de 18 à 64 ans, représentatifs de la population générale adulte uniquement, ont été inclus, tandis qu’au Vanuatu, 1122 volontaires sains âgés de 5 à 80 ans, représentatifs de la population générale, ont été inclus. Les échantillons de sérum ont été testés pour les IgG contre une série d’arbovirus en utilisant la technologie Luminex.

En Nouvelle-Calédonie, les résultats ont montré une séroprévalence de 55 %, 1,8 % et 11 % de la dengue (DENV), du Zika (ZIKV) et du virus de Ross River (RRV), respectivement. Les personnes vivant dans la province Nord et des Îles Loyautés et les personnes appartenant à la communauté océanienne ont été significativement plus exposées au DENV et au RRV.

Au Vanuatu, les analyses ont montré une séroprévalence de 51%, 2,6%  et 9,5% de DENV, ZIKV et RRV, respectivement. Les 6-18 ans ont été significativement moins exposés au DENV que les autres catégories d’âge. La séroprévalence du RRV était significativement plus élevée chez les hommes, les personnes âgées de 45 à 64 ans ou celles vivant dans les provinces de Shefa et de Sanma.

Par ailleurs, dans les deux pays, la séroprévalence est nulle pour le virus du Nil occidental, le virus de l’encéphalite japonaise, le virus de la fièvre jaune, le virus Usutu et le virus du chikungunya.

À l’exception du DENV, pour lequel environ la moitié des deux populations ont des anticorps, l’immunité de la population est très faible ou nulle pour les autres arbovirus testés. Il est intéressant de noter que nos résultats mettent en évidence une circulation silencieuse non détectée du RRV, ce qui concorde avec les études récentes menées à Fidji et en Polynésie Française. Notre étude confirme que l’épidémie de CHIK qui s’est propagée dans la région il y a 10 ans n’a pas touché ces deux pays. Dans un contexte de changement climatique et de propagation rapide des maladies infectieuses, nos données suggèrent un risque important pour les populations en cas de (ré)introduction de ces pathogènes. Cette étude ouvre également de nouvelles voies pour l’étude des singularités océaniennes dans leur exposition et leur réponse immunitaire humorale à ces pathogènes.

Le projet PIANO a été déployé en Nouvelle-Calédonie et au Vanuatu. En Nouvelle-Calédonie l’enquête de séroprévalence a été intégrée au Baromètre Santé Adulte 2021-2022 piloté par l’ASS-NC.

https://www.santepourtous.nc/l-actualite/666-barometre-sante-adulte-les-resultats

Crédit photo : L. Vigier

Financement : AFD/CPS, Fonds Pacifique, Institut Pasteur Nouvelle-Calédonie, Coopération régionale Nouvelle-Calédonie/Vanuatu


CLIMPATHIC : Amélioration de la surveillance génomique des agents pathogènes dans les eaux usées dans le contexte du changement climatique

Porteur de projet : Laura Van Poelvoorde (Sciensano, Bruxelles, Belgique)

Porteur IPNC : Myrielle Dupont-Rouzeyrol

Collaborateurs IPNC : Anne-Fleur Griffon, Alexandre Bourles, Julien Colot

Partenaires : Institut Pasteur Cambodge, IPNC, Sciensano

Dates : Janvier 2024 – Décembre 2025

Le changement climatique a une influence majeure sur la propagation et la (ré)émergence des agents pathogènes, ce qui représente un risque important pour la santé publique. Il est donc essentiel de surveiller ces pathogènes critiques et de mettre en place des nouvelles stratégies de surveillance. Une stratégie prometteuse qui a émergé pendant la pandémie de COVID-19 est l’utilisation des eaux usées comme nouveau mode de surveillance des pathogènes en population. Dans le cadre de ce projet pilote, des outils seront développés pour la surveillance génomique du virus de la dengue et du norovirus dans les eaux usées dans un contexte du changement climatique. Le norovirus est un virus très contagieux généralement associé à des épidémies de gastro-entérite et dont la présence dans les eaux usées est presque certaine en raison de sa voie de transmission fécale-orale. La dengue, quant à elle, est mentionnée comme importante à suivre dans le contexte du changement climatique et peut également être trouvée dans les eaux usées. Ainsi, des protocoles d’analyse robustes (bioinformatique) impliquant l’adaptation de tests qPCR et ddPCR, du séquençage ciblé et de la métagénomique seront développés pour détecter et caractériser les agents pathogènes prioritaires, et appliqués aux échantillons d’eaux usées collectés. Ce projet servira d’étude pilote pour développer des stratégies de détection et former les laboratoires de surveillance à l’utilisation de ces outils afin de renforcer la protection contre la (ré)émergence de pathogènes dans le contexte du changement climatique, d’améliorer la capacité de surveillance et de permettre une réponse diagnostique plus rapide et plus efficace.

Financement : ACIP