Présentation
Le groupe Bactériologie Médicale et Environnementale se situe à l’interface entre l’activité médicale et la recherche. Il est dirigé par le Dr Julien Colot, pharmacien biologiste en charge de la bactériologie médicale et de l’hygiène hospitalière au Centre Hospitalier Territorial et superviseur du laboratoire Hygiène et Environnement.
Les activités du groupe consistent à assurer la surveillance de la résistance aux antibiotiques, notamment à travers l’animation de réseaux et à transformer les questions de santé publique en questions de recherche. La veille bactériologique identifie aussi des infections émergentes ou ré-émergentes.
Le groupe héberge le spectromètre de masse MALDI-ToF et accueille en outre un jeune chercheur post-doctorant.
Activités de recherche
Les activités de recherche concernent l’étude et la prévention des infections nosocomiales ainsi que l’étude des Bactéries Multi-Résistantes (BMR) aux antibiotiques ainsi que des Bactéries Hautement Résistantes émergentes (BHRe). Historiquement ancré sur des préoccupations médicales, le groupe est désormais également impliqué dans des projets de recherche sur la circulation des bactéries et des germes résistants aux antibiotiques dans l’environnement.
Dans le cadre du projet SARMPac l’équipe s’intéresse, à la résistance à la méticilline de certaines souches de staphylocoques dorés, dont le pourcentage est passé de 15% en 2013 à 40% en 2018 en Nouvelle-Calédonie.
Staphylococcus aureus résistant à la méticilline
Sur les BHRe, le groupe mène une étude afin d’identifier les différentes souches d’Entérobactéries Productrices de Carbapénémases (EPC) mais aussi les supports génétiques de la résistance (les plasmides), afin de connaître leur origine, de mettre en évidence des facteurs de risque de colonisation et d’infection.
Au sein du projet TRAQUER, une application numérique a été mise au point, afin de suivre les patients porteurs de BHRe grâce à un partage de données entre les différentes structures de soins du territoire. Une première version de cette application a été déployée en août 2021 au CHT. Elle sera ensuite étendue au CHS, au Centre hospitalier du Nord et à la Clinique Kuindo Magnin.
Le groupe a débuté une recherche sur la circulation des gènes de résistance aux antibiotiques dans l’environnement, via l’analyse des eaux. Ce projet, intitulé ARCANE (Approche intégrée environnementale de l’antibiorésistance via l’analyse des eaux), a été sélectionné par le CRESICA pour une mise en œuvre sur deux ans et se déploie depuis début 2021. Le choix des sites a été réfléchi afin de suivre le trajet des eaux usées depuis les centres de soins jusqu’aux milieux récepteurs en passant par les structures d’assainissement.
Lagunage de Païamboué
Le Groupe est également impliqué dans les réseaux de surveillance (Salmonelles, Gonocoques, Pneumocoques) et plus récemment Corynebacterium diphteriae. Outre la surveillance, le groupe développe ou transfère de nouvelles techniques de diagnostic (par exemple, la PCR de la toxine de C. diphteriae).
Enfin, ce groupe fournit des recommandations sur les traitements antimicrobiens. Il coordonne l’établissement de lignes directrices pour le traitement de première ligne, notamment par le biais d’un guide du traitement antimicrobien, publié pour la première fois en 2015. Une nouvelle version actualisée a été publiée en 2020.
Guide des anti-infectieux de Nouvelle-Calédonie 2020
Membres
| Nom | Fonction | Activité principale |
| Julien Colot | Responsable du groupe | Bactériologie Médicale et Hygiène hospitalière |
| Malia Kainiu | Assistante Ingénieure (poste partagé avec l’URE-L) | Spectrométrie de masse MALDI-ToF |
| Alexandre Bourles | Chercheur postdoctorant | Recherche sur la circulation environnementale de la résistance aux antibiotiques |
Formation
| Accueil de stagiaires | ||
| Nom | Début | Fin |
| Damaris Ukeiwe | Juin 2021 | Juillet 2021 |
| Elisa Gonthier | Novembre 2021 | Décembre 2021 |
| Andréa Antoniolli | Janvier 2022 | Juin 2022 |
Collaborations
Internes :
Unité de Recherche et d’Expertise sur la Leptospirose, Unité de Recherche et d’Expertise en Épidémiologie Médicale, Unité de Recherche et d’Expertise en Entomologie Médicale
Locales :
- Cliniciens et biologistes des Centres Hospitaliers de Nouvelle-Calédonie,
- Biologistes des laboratoires privés de nouvelle-Calédonie,
- Direction des Affaires Sanitaires et Sociales et Direction des Affaires Vétérinaires, Alimentaires et Rurales du gouvernement de la Nouvelle-Calédonie (DASS-NC et DAVAR-NC),
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD) Nouméa eu autres institutions de recherche membres du CRESICA
Internationales :
- Centres Nationaux de Référence de l’antibiorésistance, des Staphylocoques, de la Diphtérie
- Institut Pasteur, Paris
Publications récentes
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Imauven O, Colot J, Couadau E, Moury PH, Preault A, Vincent F, Montravers P. Paediatric and adult patients from New Caledonia Island admitted to the ICU for community-acquired Panton-Valentine leucocidin-producing Staphylococcus aureus infections. Scientific Reports 12(1):11024 |
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Saliou P, Urbes F, Fouquet C, Branchu F, Rozan H, Derycke T, Colot J. La surveillance microbiologique des endoscopes comme élément d’assurance qualité au Centre hospitalier territorial de Nouvelle-Calédonie entre 2012 et 2020. Ann Biol Clin (Paris) 80(2):126-132 |
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Bourles A, Tristan A, Vandenesch F, Bes M, Laurent F, Ranc A-G, Kainiu M, Gourinat A-C, Biron A, Cazorla C, Goarant C, Colot J. A fusidic acid-resistant (PVL+) clone is associated with the increase in methicillin-resistant Staphylococcus aureus in New Caledonia. Journal of Global Antimicrobial Resistance 30:363-369. |
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Korba AA, Lounici H, Kainiu M, Vincent AT, Mariet JF, Veyrier FJ, Goarant C, Picardeau M Leptospira ainlahdjerensis sp. nov., Leptospira ainazelensis sp. nov., Leptospira abararensis sp. nov. and Leptospira chreensis sp. nov., four new species isolated from water sources in Algeria. International journal of systematic and evolutionary microbiology 71(12) |
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Colot J, Fouquet C, Ducrocq F, Chevalier S, Provost CL, Cazorla C, Cheval C, Fijalkowski C, Gourinat AC, Biron A, Goarant C, Bourles A, Marot B, Saliou P. Prevention and control of highly antibiotic-resistant bacteria in a Pacific territory: feedback from New Caledonia between 2004 and 2020. Infect Dis Now. (2022) 52(1):7-12. |
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Benadji A, Duval X, Danis K, Hoen B, Page B, Béraud G, Vernet-Garnier V, Strady C, Brieu N, Maulin L, Roy C, Ploy MC, Gaillat J, Varon E, Tubiana S; COMBAT Study Group*; SIIP Study Group. Relationship between serotypes, disease characteristics and 30-day mortality in adults with invasive pneumococcal disease. Infection. (2022) 50(1):223-233. (*With Julien Colot) |
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Melot B, Delvallez G, Gourinat AC, Molko N, Goarant C, Ducrot YM, Huguon E, Cazorla C, Chauvet M, Biron A, Colot J. Eosinophilic meningitis in New Caledonia: The role of Angiostrongylus cantonensis? PLoS One. 2021; 16(8):e0254964. |
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Rakotonirina A, Pol M, Kainiu M, Barsac E, Tutagata J, Kilama S, O’Connor O, Tarantola A, Colot J, Dupont-Rouzeyrol M, Richard V, Pocquet N. MALDI-TOF MS: optimization for future uses in entomological surveillance and identification of mosquitoes from New Caledonia. Parasit Vectors. 2020; 13(1):359. |
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Girault D, Kainiu M, Barsac E, Thibeaux R, Goarant C. Use of MALDI-ToF Mass Spectrometry for Identification of Leptospira. Methods Mol Biol 2020; 2134: 23-29. |