Interactions virus/hôte humain

Porteurs de projet : Myrielle Dupont-Rouzeyrol, Catherine Inizan, Valérie Albert-Dunais (CHS)

Collaborateurs IPNC : Aurore Martini, Anne-Fleur Griffon, Marc Jouan

Partenaires : IPNC, DPASS, CHS, ASS-NC, CHT, IP, IDE libérales

Dates : Décembre 2021 – Juin 2024

L’ Institut Pasteur était promoteur de l’étude. COVCAL a reçu le label Priorité de Recherche Nationale. Ce projet était piloté par l’IPNC et le CHS. L’ objectif de cette étude était d’étudier la réponse immunitaire, et notamment les anticorps, de la population en Nouvelle-Calédonie en réponse à la vaccination contre la COVID-19.

COVCAL a débuté en Décembre 2021, 585 volontaires de Nouvelle-Calédonie ayant reçu 2 ou 3 doses du vaccin Pfizer contre la COVID-19 ont été inclus dans l’étude COVCAL. Un échantillon de sang a été prélevé auprès de ces personnes entre 1 et 6 mois après leur vaccination. Les derniers prélèvements ont eu lieu en août 2022. Les anticorps contenus dans ce prélèvement ont ensuite été analysés, d’abord au CHT puis au Centre National de Référence des Virus Respiratoires et par des équipes de l’Institut Pasteur à Paris. Des analyses statistiques des résultats ont été mis en œuvre avec l’appui d’un biostatisticien de l’Institut Pasteur Paris. Les résultats de l’étude sont actuellement en cours de valorisation par un article scientifique.

Les résultats de l’étude ont également été partagés avec les partenaires institutionnels de l’étude.

L’ étude a montré que :

– Toutes les personnes testées ont développé des anticorps contre le virus de la COVID-19

– La communauté d’appartenance (Mélanésienne, Polynésienne, Européenne ou autre) n’a pas d’influence sur la réponse à la vaccination contre la COVID-19 (quantité, capacité à bloquer l’infection, persistance)

– ~60% des participants ont été infectés par le virus de la COVID-19, souvent sans le savoir

– La 3ème dose augmente le taux d’anticorps et leur capacité à bloquer l’infection

– 6 mois après la 3ème dose, tous les participants avaient encore des anticorps

L’Institut Pasteur tient à remercier chaleureusement les volontaires et partenaires de l’étude COVCAL, dont la participation a été primordiale pour faire avancer les connaissances sur la santé au bénéfice des populations du Pacifique.

Financement : ANRS-Maladies Infectieuses Emergentes, Pasteur Network, Fédération Hospitalière Française du Pacifique Sud.

Porteur de projet : Catherine Inizan

Collaborateurs IPNC : Damaris Ukeiwe, Myrielle Dupont-Rouzeyrol

Partenaires : IPNC, IP, DPASS

Dates : Janvier 2024 – Décembre 2026

L’ équipe dirigée par le Pr. Lluis Quintana-Murci, l’équipe dirigée par la Dr. Milena Hasan et le Dr Yoann Madec à l’Institut Pasteur Paris sont partenaires de ce projet. Cette recherche a pour but d’étudier la diversité des réponses immunitaires aux maladies infectieuses qui affectent la population en Nouvelle-Calédonie.

La population de Nouvelle-Calédonie est ou a été exposée à de nombreuses maladies dues à des virus, comme la dengue. De plus, la Nouvelle-Calédonie est riche de sa grande diversité d’appartenances communautaires (Mélanésiens, Polynésiens, Européens et autres communautés). Les communautés de Nouvelle-Calédonie peuvent répondre différemment aux maladies, notamment infectieuses. Les liens entre la diversité génétique de la population et la réponse immunitaire aux infections sont méconnus. Il est possible que des particularités génétiques façonnent la réponse aux pathogènes, dont les virus, contribuant ainsi en partie à une plus grande susceptibilité ou résistance à certaines maladies.

L’objectif de l’étude GEDIPOP est donc d’identifier les déterminants génétiques de la réponse immunitaire aux pathogènes, et notamment au virus de la dengue chez des individus d’origine Mélanésienne et Européenne.

Dans le cadre de cette étude, un échantillon de sang et de salive ainsi que des données de santé seront recueillis auprès d’adultes majeurs, en bonne santé, se déclarant appartenir à la communauté Mélanésienne ou Européenne.

Le recueil de ces échantillons permettra d’accéder :

• – aux cellules impliquées dans la réponse immunitaire. Après stimulation de ces cellules par le virus de la dengue ou d’autres pathogènes au laboratoire, nous étudierons les molécules qu’elles produisent en réponse à ces pathogènes.
• – aux marqueurs génétiques présents dans l’ADN qui régulent cette réponse immunitaire aux infections.
• – à la composition de la flore de la bouche, qui peut moduler l’activation du système immunitaire.
• – aux traces d’infections passées par les virus, notamment le virus de la dengue et le cytomégalovirus, qui peuvent également moduler cette réponse immunitaire.

Cette étude permettra de constituer une cohorte unique composée de 110 personnes d’ascendance Mélanésienne et 110 personnes d’ascendance Européenne en Nouvelle-Calédonie. Elle permettra de guider les actions de santé publique visant à améliorer la gestion de la dengue dans la région Pacifique. Enfin, ce projet ouvre la voie à des études centrées sur la santé des populations Océaniennes, souvent peu représentées dans la recherche biomédicale.

Financement : Programme Transversal de Recherche de l’Institut Pasteur

Porteur de projet : Pr André Cabié (CHU de la Martinique)

Porteur de projet pour l’IPNC : Myrielle Dupont-Rouzeyrol

Collaborateur IPNC : Catherine Inizan

Partenaires : CHU Martinique, INSERM, CHU Guadeloupe, CH Cayenne, CHU Réunion, IPNC, CHT, IP, AMU, Université de la Réunion

Dates : Janvier 2024 – Décembre 2029

Ce projet est piloté par le Pr André Cabié du CHU de la Martinique, et la Pr Bernadette Murgue, de l’Unité des Virus Emergents à l’Université d’Aix-Marseille. Ce projet est mené par un large consortium à travers les territoires ultramarins français, duquel la Nouvelle-Calédonie fait partie avec le Centre Hospitalier Territorial (CHT) et l’IPNC.

L’infection par un des quatre sérotypes de dengue (DENV-1 à DENV-4) peut résulter dans un spectre très variable de manifestations cliniques, allant de formes asymptomatiques à des formes plus sévères, qui peuvent être associées à une mortalité substantielle. La dengue sévère est caractérisée par une fuite plasmatique sévère, des saignements sévères et des atteintes multiviscérales. De nombreux facteurs sont associés à la dengue sévère et pourraient servir de marqueurs pronostics. Parmi eux, l’antériorité d’infection par le virus de la dengue, des facteurs virologiques, des composés biochimiques présents dans le plasma, la génétique de l’hôte ou encore les comorbidités pourraient contribuer à la présentation clinique de la dengue. Cependant, jusqu’à présent, aucun d’eux n’a été étudié en profondeur pour permettre son usage dans l’anticipation de la progression vers la dengue sévère. Les territoires ultramarins français (TUM) sont distribués dans toutes les régions tropicales du globe (Amériques, Océan Indien, Océanie) et ils rapportent tous fréquemment des circulations d’arbovirus. Les TUM français constituent ainsi une aire géographique privilégiée pour mener des études sur le virus de la dengue dans sa diversité génétique globale, dans des environnements et populations diverses.

L’objectif principal du projet LSDengue est d’identifier de nouveaux déterminants de la dengue sévère, dans une perspective d’amélioration de la prise en charge des patients. Les objectifs spécifiques de ce projet sont de :

• décrire des cas de dengue sévère et d’identifier des facteurs de risques
• identifier et caractériser de nouveaux facteurs viraux associés à la dengue sévère
• identifier et caractériser de nouveaux facteurs de l’hôte associés à la dengue sévère.

Ce projet constitue une opportunité unique d’implémenter une caractérisation inédite et holistique de centaines de patients souffrant de la dengue. Riche de fonds génétiques très variés, cette cohorte permettra de caractériser les propriétés cliniques, génétiques, virologiques et immunologiques de patients souffrant de la dengue sévère dans différents environnements et populations.

Financement : PEPR-MIE

Porteur de projet pour l’IPNC : Catherine Inizan

Collaborateurs IPNC : Loeïza Rault, Myrielle Dupont-Rouzeyrol

Partenaires : Institut Pasteur Cambodge, Institut Pasteur, IPNC

Dates : Mars 2024 – Février 2027

La population de la Nouvelle-Calédonie (NC) est riche de sa diversité d’appartenances communautaires, et regroupe des personnes s’estimant appartenir à la communauté Mélanésienne, Polynésienne, Européenne ou à d’autres communautés. En NC, l’incidence de la dengue est la plus élevée dans les communes majoritairement peuplées de Mélanésiens, ce qui suggère une susceptibilité accrue des Mélanésiens à la dengue symptomatique. Cependant, au cours de l’épidémie de 2017, il ne semblait pas y avoir de sur-représentation des personnes d’ascendance Mélanésienne parmi les formes sévères de la dengue à l’hôpital. L’immunité humorale (sécrétion d’anticorps) joue un rôle central dans la réponse immunitaire à l’infection par le virus de la dengue (DENV) et la présentation clinique de la maladie. Cependant, les liens entre la communauté ethnique et l’immunité humorale ciblant le DENV sont inconnus jusqu’à présent.

Dans ce contexte, l’objectif principal du projet DIMO est d’étudier la réponse immunitaire humorale contre le virus de la dengue au sein des diverses communautés ethniques de NC. Les objectifs spécifiques du projet comprennent la détermination des caractéristiques des anticorps anti-DENV (distribution des sous-classes et motifs de fucosylation), la mesure des propriétés de réactivité croisée des anticorps anti-DENV, et l’évaluation des fonctions effectrices médiées par les anticorps anti-DENV (activation du complément CDC, activation des cellules NK ADCC, phagocytose ADCP et potentialisation de l’infection ADE) à travers différentes communautés ethniques de Nouvelle-Calédonie. Le projet s’appuiera sur une collection de sérum collectée auprès d’environ 1360 individus appartenant aux 4 principales communautés de NC et âgés de 18 à 90 ans. La réponse immunitaire humorale ciblant le virus de la dengue sera étudiée au sein de la cohorte en utilisant des essais sérologiques in vitro basés sur la technologie Luminex et des modèles cellulaires pour mesurer les fonctionnalités des anticorps, par des lectures en cytométrie de flux notamment.

En étudiant les interactions jusqu’ici inconnues entre la communauté ethnique et la réponse immunitaire humorale au DENV, cette étude vise à mettre en lumière les singularités de la réponse humorale des Océaniens au DENV, ouvrant de nouvelles perspectives de prévention et d’intervention adaptées.

Financement : Bourse doctorale du Pasteur Network

Porteurs de projet : Muriel Vray, Benoît Marteyn (IP)

Collaborateurs IPNC : Damaris Ukeiwé, Anne-Fleur Griffon, Myrielle Dupont-Rouzeyrol, Marc Jouan

Partenaires : IPNC, Hôpital Necker Enfants Malades, Institut Pasteur de Bangui, Centre Hospitalier Territoriale Gaston Bourret, Faculté de santé et sciences médicales-Université de Copenhague.

Dates : Avril 2022 – Août 2024

Ce projet est piloté par Dr Muriel Vray et Dr Benoît Marteyn de l’Institut Pasteur de Paris. Il a pour but d’évaluer l’impact de la carence en vitamine C sur l’infection diarrhéique chez les enfants de 18 mois à 5 ans. En effet, la maladie diarrhéique est la deuxième cause de décès dans le monde chez les enfants de moins de cinq ans, bien qu’elle soit à la fois évitable et traitable. L’association du scorbut qui est une maladie rare dû à une carence sévère en vitamine C, avec la diarrhée a été suggérée depuis le 18ème siècle dans les populations souffrant de malnutrition. Cependant, cette hypothèse (carence en vitamine C et infection diarrhéeique) n’a jamais été étudiée jusqu’à présent dans une étude clinique.

VITAL est une étude clinique multicentrique avec trois centres d’inclusion, en France à Paris avec l’Hôpital Necker, en Centrafrique avec le Complexe Hospitalier Universitaire Pédiatrique de Bangui et en Nouvelle-Calédonie avec le Centre Hospitalier Territorial (CHT) et l’IPNC. Elle a débuté en avril 2022 avec l’inclusion d’enfants âgées de 18 mois à 5 ans. C’est une étude cas-témoins, avec inclusion d’enfants atteints de diarrhée aiguë, les « cas » et les témoins ne présentant pas de diarrhée.

Lors de l’inclusion, des données démographiques, cliniques, biologiques et alimentaires ont été recueillies. Par ailleurs, un prélèvement sanguin pour le dosage des vitamines C, A et E a été réalisé. Ces différentes analyses se font à l’Université de Copenhague et à l’Institut de Biochimie de l’Institut Cochin.

A ce jour, l’inclusion est terminée dans les trois centres. En Nouvelle-Calédonie, 88 sujets ont été inclus dont 32 cas de diarrhée aiguë et 56 témoins. Les cryotubes sont en cours d’acheminement à l’Institut Pasteur de Paris qui fera le relais par la suite vers les autres partenaires.

Ce projet constitue une belle opportunité de recherche clinique multicentrique pour l’IPNC, en effet c’est un des premiers projets de recherche clinique pédiatrique en Nouvelle-Calédonie.

Financement : ACIP