Frédéric Veyrier et Eve Bernet : du Canada à la Nouvelle-Calédonie

Le professeur Frédéric Veyrier de l’INRS-Centre Armand Frappier Santé Biotechnologie, à Montréal, effectue un congé sabbatique en recherche à l’IPNC. Il est arrivé en janvier dernier pour une durée de six mois. Il apporte ainsi son expertise en génomique bactérienne au sein du Pôle Bactériologie. Eve Bernet, une de ses doctorantes, a également fait le voyage jusqu’à l’IPNC pour un stage de trois mois. Ces visites sont une belle opportunité de renforcer les liens entre les deux instituts de recherche et, plus globalement, entre la Nouvelle-Calédonie et le Canada.

De janvier à juillet, Frédéric Veyrier est en séjour scientifique au sein du Pôle Bactériologie et appuie les travaux déjà entamés à l’IPNC sur la résistance aux antibiotiques. L’un des principaux projets consiste à comprendre les échanges de gènes résistants entre les bactéries présentes dans différents écosystèmes en se concentrant sur différents compartiments (environnement, animaux et humains).  Au Canada, Frédéric Veyrier est professeur agrégé au Centre INRS Armand-Frappier Santé-Biotechnologie (INRS-CAFSB), le seul institut membre du Pasteur Network en Amérique du Nord. Il est aussi professeur associé à l’Université McGill et responsable de la plateforme de l’infrastructure de microscopie électronique (appelée Caractérisation des nanovéhicules biologiques et synthétiques) à l’INRS.

De la recherche fondamentale à la santé publique

Son programme de recherche actuel vise ainsi à comprendre l’évolution des bactéries qui infectent l’humain, en recherche fondamentale, pour trouver de nouvelles voies de diagnostic et de traitement, en recherche appliquée. Sa venue à l’IPNC lui permet d’évaluer comment les outils qu’il a développés ces dix dernières années peuvent être utilisés en santé publique. Expert en génomique, un de ses projets consiste par exemple à mettre en place un système de sérotypage basé sur la génomique des leptospires, ces bactéries responsables de la leptospirose. Depuis son arrivée, il est particulièrement impressionné par le travail effectué par les groupes de recherche à l’IPNC malgré « certaines difficultés rencontrées que je n’ai pas au Canada telles que les délais de livraison », cite-t-il.

Consolider les liens

Il était déjà en contact avec l’Unité de recherche et d’expertise Leptospirose et le Groupe de bactériologie médicale et environnementale de l’IPNC, avec qui il avait collaboré à distance. Sa venue à l’IPNC ne tient donc pas du hasard. « Mon séjour permettra de consolider les liens entre nos deux laboratoires. Se déplacer permet de mieux connaître les gens personnellement et donc d’améliorer les collaborations professionnelles par la suite. » Une autre de ses missions est de mettre en place des moyens d’échanges facilités, d’étudiants et d’expertises, entre les deux instituts de recherche. Son séjour est l’occasion d’établir des collaborations fortes, fructueuses et durables non seulement avec l’IPNC mais avec d’autres partenaires régionaux.

Eve Bernet, en stage jusqu’à fin juin

La mise en place de ces projets de recherche collaboratifs a aussi permis à une étudiante brillante, Eve Bernet, de participer à cet échange. « Calédonienne d’adoption », elle est arrivée sur le territoire en 1995, âgée de seulement quelques mois. Partie il y a dix ans pour ses études, elle fait actuellement une thèse au sein de l’équipe du professeur Frederic Veyrier, au Canada. Son projet de thèse porte sur la caractérisation de l’évolution du genre Neisseria ayant mené à l’apparition de deux espèces pathogènes (N. meningitidis responsable de méningite bactérienne et N. gonorrhoeae responsable de la gonorrhée). Pendant son séjour de trois mois à l’IPNC, elle participera à la mise en place d’un projet complémentaire à son sujet de thèse et portant sur la microévolution de Neisseria gonorrhoeae dans un contexte insulaire en Nouvelle-Calédonie. Arrivée fin mars dans l’unité de bactériologie médicale et environnementale de l’IPNC, elle est « très émue de pouvoir enfin revenir [sur le territoire] et participer à l’effort de recherche ici ».

Antibiorésistance : Une première publication pour le projet Arcane !

Les carbapénèmes sont des antibiotiques d’usage strictement hospitalier, utilisés en dernier recours lors d’infections. Or, ils peuvent s’avérer inefficaces au contact d’enzymes appelées carbapénémases qui sont souvent associées à d’autres mécanismes de résistance, responsable de réelles impasses thérapeutiques. La diffusion de ces enzymes a déjà touché le monde entier et les Entérobactéries Productrices de Carbapénémases (EPC) figurent au premier rang de la liste de l’OMS des « agents pathogènes prioritaires » résistants aux antibiotiques.

Malheureusement, la Nouvelle-Calédonie n’est pas épargnée. Ces EPC diffusent progressivement sur le territoire et sont souvent la cause d’infections conduisant à des situations d’impasses thérapeutiques dramatiques. En Nouvelle-Calédonie, la majorité des carbapénémases trouvées sont de type IMP, qui sont très difficiles à détecter sur les milieux sélectifs de routine.

Dans l’étude portée par le Groupe de Bactériologie Médicale et Environnementale, une méthode basée sur la résistance à l’ertapénème, un des antibiotiques de la famille des carbapénèmes, a été proposée pour distinguer les EPC dans des échantillons à très forte charge bactérienne. Cette méthode a permis d’isoler 18 EPC à partir d’effluents hospitaliers, dont un type de carbapénémase (KPC) encore jamais détecté sur le territoire. Au-delà de l’aspect scientifique, les auteurs font la démonstration que cette technique peut être appliquée dans des contextes à ressources limitées.

Ces résultats ont fait l’objet d’un article publié en collaboration avec le laboratoire de Biologie Médicale du Centre hospitalier territorial, en février 2023, dans la revue Antibiotics : Méthode de détection simultanée des différents mécanismes de résistance aux beta-lactamines chez les Entérobactéries : Application à des échantillons environnementaux et cliniques en Nouvelle-Calédonie

Cette étude a été réalisée dans le cadre du projet ARCANE, soutenu par le contrat intercollectivités État – Provinces dans le cadre du programme « Au fil de l’Eau » porté par le Cresica, le gouvernement de la Nouvelle-Calédonie (Contrat Post-doctoral) et l’Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie.

Profil de résistance d’une Entérobactérie Productrice de Carbapénémases isolée dans le cadre de l’étude, avec un type de carbapénémase qui n’avait encore jamais été détecté en Nouvelle-Calédonie.