Le baromètre santé adulte est une enquête de grande échelle menée par l’Agence sanitaire et sociale de Nouvelle-Calédonie (ASS-NC). L’IPNC a participé à l’étude 2021-2022.
L’objectif initial de la participation de l’IPNC au baromètre santé adulte était de déterminer à quelles arboviroses ont été exposées les Calédoniens et en quelles proportions. Sur les 1800 logements visités dans le cadre de cette étude, 750 prises de sang ont été effectuées chez des Calédoniens de 18 à 64 ans sur l’ensemble du territoire, îles comprises. « Cela permet d’avoir une bonne estimation à l’échelle de la Nouvelle-Calédonie en incluant les trois Provinces », précise Myrielle Dupont-Rouzeyrol, responsable de l’unité de recherche et d’expertise dengue et arboviroses, en charge de cette enquête de séroprévalence.
Arboviroses Ainsi, 55% des adultes calédoniens testés ont déjà rencontré au moins une fois la dengue au cours de leur vie et présentent des anticorps résiduels. « Ce niveau est plutôt faible, en Polynésie française, par exemple, le pourcentage est plus proche de 80% », précise Myrielle Dupont-Rouzeyrol. Pour les autres arboviroses, l’immunité est nettement plus faible ; elle est inférieure à 10%. Il existe ainsi une certaine vulnérabilité à ces infections transmises par les moustiques. Ces résultats vont permettre d’ajuster les mesures de prévention de santé publique pour réduire le risque de transmission vectorielle. C’est la toute première fois que ces pourcentages sont calculés et présentés en Nouvelle-Calédonie.
Covid-19 L’étude, débutée en août 2021, devait se concentrer sur les arbovirus. Or, l’arrivée du Covid-19 sur le territoire a modifié cet objectif initial. Un dépistage des anticorps de la Covid-19 a ainsi été ajouté afin d’obtenir une photographie à un instant t du pourcentage de Calédoniens exposés au virus. Au 31 juillet 2022, 81% des personnes testées présentaient des anticorps issus de la vaccination et/ou d’une infection naturelle. « On peut noter que 40% des individus avaient fait une infection récente ; ce qui permet d’estimer la circulation du virus à cette date, en pleine vague Omicron. » Les anticorps de la Covid-19 diminuant progressivement dans le temps en l’absence de stimulation, l’immunité devrait être plus faible aujourd’hui.
Projet dupliqué au Vanuatu Cette même étude est également menée au Vanuatu depuis octobre 2022. Cette enquête de grande ampleur compte plus de 1000 participants de 5 à 85 ans et évalue l’immunité contre diverses maladies infectieuses dans la population du Vanuatu. Les dernières inclusions ont été effectuées en mai ; Myrielle Dupont-Rouzeyrol espère des résultats d’ici la fin de l’année.
Le professeur Frédéric Veyrier de l’INRS-Centre Armand Frappier Santé Biotechnologie, à Montréal, effectue un congé sabbatique en recherche à l’IPNC. Il est arrivé en janvier dernier pour une durée de six mois. Il apporte ainsi son expertise en génomique bactérienne au sein du Pôle Bactériologie. Eve Bernet, une de ses doctorantes, a également fait le voyage jusqu’à l’IPNC pour un stage de trois mois. Ces visites sont une belle opportunité de renforcer les liens entre les deux instituts de recherche et, plus globalement, entre la Nouvelle-Calédonie et le Canada.
De janvier à juillet, Frédéric Veyrier est en séjour scientifique au sein du Pôle Bactériologie et appuie les travaux déjà entamés à l’IPNC sur la résistance aux antibiotiques. L’un des principaux projets consiste à comprendre les échanges de gènes résistants entre les bactéries présentes dans différents écosystèmes en se concentrant sur différents compartiments (environnement, animaux et humains). Au Canada, Frédéric Veyrier est professeur agrégé au Centre INRS Armand-Frappier Santé-Biotechnologie (INRS-CAFSB), le seul institut membre du Pasteur Network en Amérique du Nord. Il est aussi professeur associé à l’Université McGill et responsable de la plateforme de l’infrastructure de microscopie électronique (appelée Caractérisation des nanovéhicules biologiques et synthétiques) à l’INRS.
De la recherche fondamentale à la santé publique
Son programme de recherche actuel vise ainsi à comprendre l’évolution des bactéries qui infectent l’humain, en recherche fondamentale, pour trouver de nouvelles voies de diagnostic et de traitement, en recherche appliquée. Sa venue à l’IPNC lui permet d’évaluer comment les outils qu’il a développés ces dix dernières années peuvent être utilisés en santé publique. Expert en génomique, un de ses projets consiste par exemple à mettre en place un système de sérotypage basé sur la génomique des leptospires, ces bactéries responsables de la leptospirose. Depuis son arrivée, il est particulièrement impressionné par le travail effectué par les groupes de recherche à l’IPNC malgré « certaines difficultés rencontrées que je n’ai pas au Canada telles que les délais de livraison », cite-t-il.
Consolider les liens
Il était déjà en contact avec l’Unité de recherche et d’expertise Leptospirose et le Groupe de bactériologie médicale et environnementale de l’IPNC, avec qui il avait collaboré à distance. Sa venue à l’IPNC ne tient donc pas du hasard. « Mon séjour permettra de consolider les liens entre nos deux laboratoires. Se déplacer permet de mieux connaître les gens personnellement et donc d’améliorer les collaborations professionnelles par la suite. » Une autre de ses missions est de mettre en place des moyens d’échanges facilités, d’étudiants et d’expertises, entre les deux instituts de recherche. Son séjour est l’occasion d’établir des collaborations fortes, fructueuses et durables non seulement avec l’IPNC mais avec d’autres partenaires régionaux.
Eve Bernet, en stage jusqu’à fin juin
La mise en place de ces projets de recherche collaboratifs a aussi permis à une étudiante brillante, Eve Bernet, de participer à cet échange. « Calédonienne d’adoption », elle est arrivée sur le territoire en 1995, âgée de seulement quelques mois. Partie il y a dix ans pour ses études, elle fait actuellement une thèse au sein de l’équipe du professeur Frederic Veyrier, au Canada. Son projet de thèse porte sur la caractérisation de l’évolution du genre Neisseria ayant mené à l’apparition de deux espèces pathogènes (N. meningitidis responsable de méningite bactérienne et N. gonorrhoeae responsable de la gonorrhée). Pendant son séjour de trois mois à l’IPNC, elle participera à la mise en place d’un projet complémentaire à son sujet de thèse et portant sur la microévolution de Neisseria gonorrhoeae dans un contexte insulaire en Nouvelle-Calédonie. Arrivée fin mars dans l’unité de bactériologie médicale et environnementale de l’IPNC, elle est « très émue de pouvoir enfin revenir [sur le territoire] et participer à l’effort de recherche ici ».
Dans le cadre du projet Fonds Pacifique OH-Lepto l’unité de recherche et d’expertise sur la leptospirose organise actuellement une mission de formation théorique et pratique de quatre techniciens du Vila Central Hospital sur les techniques de mise en œuvre du diagnostic moléculaire de la leptospirose.
Ce projet, également soutenu par la CPS et l’OMS, vise à renforcer les capacités des laboratoires et à promouvoir une approche « One Health » de la leptospirose ; ce qui consiste notamment à organiser des échanges de compétences entre scientifiques des secteurs de la santé humaine et de la santé animale. A l’issue de cette formation, le personnel du laboratoire du Vila Central Hospital aura la capacité d’effectuer des extractions d’ADN génomique à partir d’échantillons de patients et de réaliser des PCR en temps réel afin de renforcer leur système de surveillance de la leptospirose humaine.
Les carbapénèmes sont des antibiotiques d’usage strictement hospitalier, utilisés en dernier recours lors d’infections. Or, ils peuvent s’avérer inefficaces au contact d’enzymes appelées carbapénémases qui sont souvent associées à d’autres mécanismes de résistance, responsable de réelles impasses thérapeutiques. La diffusion de ces enzymes a déjà touché le monde entier et les Entérobactéries Productrices de Carbapénémases (EPC) figurent au premier rang de la liste de l’OMS des « agents pathogènes prioritaires » résistants aux antibiotiques.
Malheureusement, la Nouvelle-Calédonie n’est pas épargnée. Ces EPC diffusent progressivement sur le territoire et sont souvent la cause d’infections conduisant à des situations d’impasses thérapeutiques dramatiques. En Nouvelle-Calédonie, la majorité des carbapénémases trouvées sont de type IMP, qui sont très difficiles à détecter sur les milieux sélectifs de routine.
Dans l’étude portée par le Groupe de Bactériologie Médicale et Environnementale, une méthode basée sur la résistance à l’ertapénème, un des antibiotiques de la famille des carbapénèmes, a été proposée pour distinguer les EPC dans des échantillons à très forte charge bactérienne. Cette méthode a permis d’isoler 18 EPC à partir d’effluents hospitaliers, dont un type de carbapénémase (KPC) encore jamais détecté sur le territoire. Au-delà de l’aspect scientifique, les auteurs font la démonstration que cette technique peut être appliquée dans des contextes à ressources limitées.
Profil de résistance d’une Entérobactérie Productrice de Carbapénémases isolée dans le cadre de l’étude, avec un type de carbapénémase qui n’avait encore jamais été détecté en Nouvelle-Calédonie.
Enjeux et objectifs Plus d’un million de décès est attribuée chaque année à la résistance antimicrobienne. En effet, l’utilisation massive des antibiotiques a conduit à l’émergence de « superbugs » tel que le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) difficile à traiter avec les molécules existantes. Cela encourage la découverte de nouveaux traitements antibiotiques efficaces contre les infections humaines graves et le sepsis associé lié à un important taux de mortalité. Les maladies inflammatoires à médiation immunitaire (IMIDs) représentent aussi un problème de santé mondial majeur avec une incidence de 5 à 7% dans les sociétés occidentales. Les cytokines sont des médiateurs inflammatoires essentiels au déclenchement de la réponse immunitaire de l’hôte durant l’infection et qui contrôlent aussi la réponse inflammatoire dans la pathogénèse des IMIDs. Le développement des molécules se focalise sur la régulation des cytokines inflammatoires ou sur l’inhibition des voies de signalisation des Janus kinases (JAKs)/signal transducer and activator of transcription proteins (STATs) ou Jakinibs approuvés pour traiter les IMIDs. Cependant, au regard des patients réfractaires au traitement ou les maladies opportunistes liées aux mécanismes immunosuppresseurs, la recherche de nouvelles de molécules bioactives se poursuit et se focalise sur de nouvelles molécules inhibant les voies de signalisation des cytokines ou des JAK-STAT. Les microalgues et bactéries marines produisent des molécules anti-inflammatoires à grande valeur ajoutée dans le domaine de la pharmacologie. Les bioprospections menées en Nouvelle-Calédonie a conduit à la caractérisation de microalgues et de bactéries marines produisant des molécules bioactives à des fins d’application dans les biotechnologies bleues. Nous avons émis l’hypothèse que de nouvelles substances naturelles marines (MNPs) seraient à découvrir à partir de la biodiversité marine de Nouvelle-Calédonie et nous caractériserons l’activité antibactérienne et immunomodulatrice de MNPs issues de microalgues et bactéries marines néo-calédoniennes et disponibles dans les collections de l’IFREMER / ADECAL Technopole et de la start-up privée BIOTECAL.
Perspectives Le projet ANR CHARM investiguera des bioactivités complémentaires afin d’identifier des molécules innovantes à proposer comme molécules plateformes auprès des industries pharmaceutiques dans le secteur des antibiotiques et immunomodulateurs. Les résultats seront utiles pour améliorer la chaine de valeur ajoutée dans le domaine des MNPs et des technologies bleues en Nouvelle-Calédonie. Ce projet répond donc au besoin de développement et d’exploitation durable des ressources biologiques marines et contribue à la Stratégie Nationale de Bioéconomie. Il contribue à la valorisation de la biodiversité des territoires ultra-marins en répondant au Livre Bleu Outre-Mer validé par le Ministère des Outre-Mer. Nous visons des applications à longs termes en industrie pharmaceutique par des partenariats avec le secteur privé.
Présentation de Céphas XUMA, Prix du Jury, Ma Thèse en 180 secondes (MT180) 2024 PRopriétés Antibiotiques de substances NAturelles issues de micro-organismes marins de Nouvelle-Calédonie contre des souches antibiorésistantes (acronyme : PRANA)
C’NATURE – Diversité des bactéries retrouvées en Nouvelle-Calédonie (2023) Céphas XUMA a participé à la conférence C’NATURE en présentant l’intérêt d’étudier les bactéries marines à des fins d’applications pharmacologiques notamment antibiotiques – d’après le projet de thèse PRopriétés Antibiotiques de substances NAturelles issues de micro-organismes marins de Nouvelle-Calédonie contre des souches antibiorésistantes (acronyme : PRANA)
Présentation de Malia LASALO, Prix de la Valorisation, Doctoriales 2022 Investigation du potentiel immunomodulateur de substances naturelles issues de micro-organismes marins de Nouvelle-Calédonie
La Nouvelle-Calédonie est reconnue comme un des 36 hotspots mondiaux de biodiversité terrestre et marine. Avec près de 80 % d’endémisme végétale et plus de 3 200 espèces natives, le territoire néo-calédonien représente ainsi une source considérable de substances naturelles bioactives. Parmi cette flore endémique, l’Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie, en collaboration avec l’université de la Nouvelle-Calédonie (UNC) et l’Institut de recherche pour le développement (IRD), a montré que l’extrait de feuille d’une plante Annonaceae locale, Xylopia pancheri, possède une activité antibactérienne importante contre le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM). La résistance aux antibiotiques reste en effet une problématique mondiale de santé publique, étant à l’origine de plus de 1,2 millions de décès en 2019. Parmi les bactéries impliquées, l’émergence de souches de SARM a conduit au retrait de molécules du domaine pharmaceutique si bien que la recherche de nouveaux antibiotiques efficaces se poursuit.
Photographie prise par Daniel et Irène Létocart de Xylopia pancheri, issue du site de l’association Endemia : https://endemia.nc/flore/fiche1682
Pour consulter l’article complet : « Antimicrobial activity of Xylopia pancheri Baill. Leaf extract against susceptible and resistant Staphylococcus aureus. » https://doi.org/10.1002/ptr.7714.
Les extraits de plante d’une Lamiaceae, Coleus forsteri, en photographie ci-dessus, possède des activités anti-inflammatoires.
Les populations néo-calédoniennes ont aussi recours à l’usage de nombreuses plantes traditionnelles notamment dans le cadre familial comme médecines complémentaires et alternatives. Parmi ces plantes traditionnelles, l’IPNC, en collaboration avec l’UNC, l’IRD et l’université MacQuarie à Sydney, a démontré que les extraits de plante d’une Lamiaceae, Coleus forsteri (anciennement Plectranthus forsteri), possèdent des activités anti-inflammatoires sur des macrophages humains en inhibant différents médiateurs inflammatoires : les cytokines et l’acide quinolinique. La caractérisation chimique des extraits de cette plante a montré la présence de molécules diterpènes pouvant expliquer ces effets biologiques. Cette plante, aussi appelée Hmitre ou Arnica kanak, est traditionnellement utilisée pour traiter les symptômes grippaux. La confirmation biologique de son activité anti-inflammatoire au niveau cellulaire pourrait aider à mieux comprendre le mode d’action de cette plante traditionnelle.
Pour consulter l’article complet : « Anti-inflammatory activities of Coleus forsteri (formerly Plectranthus forsteri) extracts on human macrophages and chemical characterization » https://doi.org/10.3389/fphar.2022.1081310
Photographie de cellules activées, confirmant l’activité anti-inflammatoire au niveau cellulaire.
