| Project title | Prévalence de Mycoplasma genitalium chez les hommes consultant pour uréthrite. | ||||
| Principal investigator | Marion Patoureau and Patrick Blanco (Espas-CMP) | ||||
| Focal point IPNC | A. Tarantola | ||||
| Collaborators at IPNC | A. Tarantola | ||||
| Other Collaborators | J. Colot, M. Biron | ||||
| Total budget of project | 100 000 € | Budget devoted to IPNC | None | ||
| Funding | IPNC / Province-Sud | ||||
| Timeline | Start date:
1st Aug 2016
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End date :
December 2018 |
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| Context | |||||
| The pathogenic role of Mycoplasma genitalium (MG) in non-gonococcal urethritis has recently been recognized. Azithromycin (1 gr. p.o.) is considered as the only effective drug for MG, a pathogen only identified in the early 1980s and the cause of 15-20% of non-gonococcal urethritis and 30% of recurring or persisting urethritis. Rising resistance to azithromycin has been documented. Patients referring for an STI, however, are not screened for MG. Its prevalence as a urethritis-causing pathogen and level of resistance to azithromycin are unknown in New Caledonia. | Le rôle pathogène de Mycoplasma genitalium (MG) dans l’urétrite non gonococcique a récemment été reconnu. L’azithromycine (1 gr.p.o.) est considérée comme le seul traitement efficace contre MG, pathogène identifié seulement au début des années 1980 et responsable de 15 à 20% des urétrites non gonococciques et de 30% des urétrites récidivantes ou persistantes. Une résistance croissante à l’azithromycine a été documentée. Les patients référés pour une IST, ne sont cependant pas testés pour MG. Sa prévalence en tant qu’agent pathogène causant l’urétrite et le niveau de résistance à l’azithromycine sont inconnus en Nouvelle-Calédonie. | ||||
| Objectives | |||||
| The aim of this study is to estimate the prevalence of Mycoplasma genitalium among men referring for urethritis at the Southern Province walk-in clinic (ESPAS), associated risk factors, resistance profiles if any and the effectiveness of syndromic management. | Le but de cette étude est d’estimer la prévalence de Mycoplasma genitalium chez les hommes adressés pour urétrite au centre de soin d’accès libre de la Province du Sud (ESPAS), les facteurs de risque associés, les éventuels profils de résistance et l’efficacité de la prise en charge syndromique. | ||||
| Methodology | |||||
| The medical team at ESPAS providing care for men who refer for urethritis complete an anonymized, standardized questionnaire. The data are entered in a computerized datasheet (EpiData), currently being validated by the entry of the first 60 questionnaires. The data will be analyzed by IPNC’s Epidemiology unit. | L’équipe médicale de l’ESPAS qui prend en charge les hommes se présentant avec une’urétrite remplit un questionnaire anonymisé et standardisé. Les données sont saisies dans une fiche informatisée (EpiData), en cours de validation par l’entrée des 60 premiers questionnaires. Les données seront analysées par l’unité d’épidémiologie de l’IPNC. | ||||
| Preliminary results | |||||
| Validation of the EpiData computerized database | Validation de la base de données informatique réalisée sur EpiData | ||||
| Perspectives | |||||
| Identifying risk factors associated with urethritis caused by Mycoplasma genitalium to establish a risk profile which will help guide diagnostic management | Identifier les facteurs de risque associés avec une uréthrite due à MG pour établir un profile de risque permettant de guider la démarche diagnostique. | ||||
Diversité des leptospires en Nouvelle-Calédonie
| Une biodiversité des leptospires inattendue dans les sols de Nouvelle-Calédonie | |||
| Principal investigateur | Cyrille Goarant | ||
| Point Focal IPNC | Roman Thibeaux, Cyrille Goarant | ||
| Collaborateurs IPNC | Marie-Estelle Soupé-Gilbert, Dominique Girault, Emilie Bierque | ||
| Autres Collaborateurs | Mathieu Picardeau, IP Paris,
Gregorio Iraola and Ignacio Ferres, IP Montevideo Michael Meyer et Anthony Douyère, Université de la Nouvelle-Calédonie Anna Rettinger, Ludwig Maximilian University of Munich, Munich |
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| Budget | 3000 € | Budget devoted to IPNC : NA | |
| Financement | IPNC | ||
| Agenda | Début: 2016 | Fin: 2018 | |
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Contexte |
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| Suite à la mise en évidence de la survie environnementale des leptospires pathogènes sur des sites de contamination humaine en Nouvelle-Calédonie, des isolements de Leptospira ont été entrepris.
Les souches infectantes n’ont pas été ré-isolées de l’environnement, mais un nombre important d’isolats a toutefois été obtenu. Les difficultés d’identification (MALDI-TOF, séquençage ARNr 16S) nous ont amené à suspecter des espèces nouvelles et à entreprendre le séquençage de leur génome complet. |
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Objectifs |
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| Réaliser une étude génomique des leptospires isolés des sols Calédoniens. | |||
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Méthodes |
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| Les isolements ont été réalisés sur le terrain à partir de prélèvements de sols ou d’eau. Les cultures liquides en milieu EMJH sont supplémentées avec une combinaison d’antibiotiques décrite pour sélectionner la croissance des leptospires (Chakraborty et al, 2011). Les cultures sont ensuite étalées sur du milieu EMJH gélosé pour l’isolement.
Les isolats sont identifiés au MALDI-TOF et par séquençage de leur génome complet. Les souches des clusters pathogène et intermédiaire sont testées en modèle animal. |
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Résultats |
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| Plus de 100 isolats environnementaux ont été obtenus. Les 26 premières souches pour lesquelles le génome complet a été séquencé ont permis de montrer la présence de 12 nouvelles espèces : 3 dans le cluster des pathogènes, 5 dans les intermédiaires et 4 saprophytes.
Les souches du cluster des pathogènes se sont montrées incapables de provoquer une infection aigue chez le hamster ou un portage rénal chez la souris. Une comparaison détaillée des core génomes et des génomes accessoires supporte l’hypothèse d’un groupe polyphylétique de leptospires peu virulents au sein du cluster des pathogènes. Ce résultat suggère, en terme d’évolution, que la virulence a été acquise indépendamment dans les deux clades pathogènes et intermédiaires. Les résultats obtenus lors des identifications sur le MALDI-ToF confirment la valeur de cet outil pour l’identification des isolats de leptospires au niveau spécifique. La base de données de spectres de référence a été rendue publique dans le cadre d’une des publications. |
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Perspectives |
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| La meilleure connaissance de la biodiversité des leptospires telluriques en Nouvelle-Calédonie contribuera d’une part à mieux comprendre l’écologie de ces bactéries. D’autre part, la disponibilité de leurs génomes complets permettra aussi d’améliorer les outils de diagnostic moléculaire de la leptospirose humaine et animale.
Les résultats préliminaires des autres isolats suggèrent d’autres nouvelles espèces. |
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Valorisation |
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| Vincent AT, Schiettekatte O, Goarant C, Neela VK, Bernet E, Thibeaux R, Ismail N, Mohd Khalid MK, Amran F, Masuzawa T, Nakao R, Amara Khorba A, Bourhy P, Veyrier FJ, Picardeau M, 2019. Revisiting the taxonomy and evolution of pathogenicity of the genus Leptospira through the prism of genomics. PLoS Negl Trop Dis 13: e0007270.
Thibeaux R, Iraola G, Ferrés I, Bierque E, Girault D, Soupé-Gilbert ME, Picardeau M, Goarant C, 2018. Deciphering the unexplored Leptospira diversity from soils uncovers genomic evolution to virulence. Microbial Genomics 4: 000144. Communication grand public par l’Institut Pasteur Thibeaux R, Iraola G, Ferrés I, Bierque E, Girault D, Soupé-Gilbert ME, Picardeau M, Goarant C. Of soils, Leptospira and humans. Présentation orale à la conférence de l’ILS, Palmerston North, NZ, November 2017. Thibeaux R, Girault D, Bierque E, Soupé-Gilbert ME, Rettinger A, Douyere A, Meyer M, Iraola G, Picardeau M, Goarant C, 2018. Biodiversity of environmental Leptospira: improving identification and revisiting the diagnosis. Front. Microbiol. 9: 816. |
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