Biofilm et leptospires

Leptospira Biofilm: an unexplored reservoir for environmental survival and persistence of infectious bacteria.
Principal investigator Roman Thibeaux
Focal point IPNC Roman Thibeaux, Cyrille Goarant
Collaborators at IPNC Marie-Estelle Soupé-Gilbert, Dominique Girault, Emilie Bierque
Other Collaborators Mathieu Picardeau, IPP, Jean-Marc Ghigo, IPP, Michaël Meyer, UNC
Total budget of project 8000 euros Budget devoted  to IPNC : NA
Funding IPNC
Timeline Start: 2018 End : 2019

Objectifs

Les objectifs de ce projet sont d’étudier le rôle protecteur que le biofilm confère aux leptospires pathogènes à la fois dans des conditions écologiques difficiles mais aussi lors de la colonisation chronique des reins.

Methods

Nous avons mis au point une méthode pour cultiver le biofilm des leptospires in vitro dans une plaque 96 puits. Après 4 semaines, la formation du biofilm a été quantifiée à l’aide d’une méthode interne d’analyse d’images basée sur des images optiques à contraste de phase. Pour identifier les gènes des leptospires régulant la formation du biofilm, nous avons quantifié l’altération on l’augmentation de la capacité de mutants, générés par mutagenèse insertionnelle par transposition, à produire un biofilm. Nous avons ensuite étudié l’infectiosité des mutants dans un modèle hamster (hôte sensible), tandis que la capacité de colonisation rénale a été éprouvé dans un modèle souris (hôte réservoir). En parallèle, la protection vis-à-vis de stress environnementaux (T°, lumière UV, NaCl) conférée par le biofilm à ces mutants a été évaluée à l’aide d’un test de viabilité cellulaire (Alamar blue assay). Enfin, des lectines fluorescentes ont été utilisées pour visualiser in situ la présence et la distribution des exo-polysaccharides présents dans le biofilm des Leptospires.

Results

En examinant le phénotype de mutants déficients, nous avons identifié la voie de signalisation du c-di-GMP comme un régulateur majeur dans la formation du biofilm. En effet, lorsque les enzymes de synthèse c-di-GMP (contenant le motif GGDEF) ont subi une perte de fonction, les mutants ont montré une diminution de la production du biofilm et inversement lorsque les enzymes de dégradation du c-di-GMP (contenant le motif HD-GYP) sont altérées, les mutants ont développé une capacité accrue à produire du biofilm. Parallèlement, nous avons mis en évidence qu’un mutant défectueux pour une aldo-kéto-réductase impliquée dans le métabolisme des glucides, présente également une capacité réduite à produire du biofilm.

Nous avons ensuite étudié la pertinence écologique du biofilm produit par les leptospires. La mesure de l’infectiosité des mutants chez des hamsters montre que les mutants présentant une capacité altérée à produire du biofilm sont plus virulents que les mutants présentant une production accrue de biofilm. Dans un modèle de colonisation chronique des reins chez la souris, la charge d’excrétion urinaire des leptospires est plus élevée pour les mutants produisant peu de biofilm que chez leurs homologues. Enfin, un effet protecteur sur la viabilité cellulaire a été observé pour les mutants produisant plus de biofilm lorsqu’ils sont exposés à des doses élevées de sel (NaCl), d’ultraviolet et des températures extrêmes. Nous avons observé que la viabilité est potentialisée de manière dose-dépendante à la production de biofilm.

Enfin, l’emploi de lectines fluorescentes a permis une caractérisation préliminaire de la composition du biofilm, mettant en évidence la présence d’ x-d-glucopyranosyl ainsi que de résidus de x-mannopyranosyl et de x-glucopyranosyl.

Perspectives

Ces travaux ont révélé que, même s’il ne semble pas nécessaire pour l’infection de l’hôte, le biofilm améliore la survie des leptospires dans des conditions environnementales défavorables, ce qui contribue probablement à leur persistance dans l’environnement.

Les données issues de ces travaux pourraient suggérer des stratégies visant à altérer la production et l’organisation du biofilm bactérien, rendant ainsi les leptospires accessibles au système immunitaire ou à des conditions écologiques défavorables. Ces approches ouvriraient ainsi de nouvelles voies de prévention du risque environnemental de contamination par des leptospires.

Valorisation 

Thibeaux R, Soupé-Gilbert ME, Picardeau M, Goarant C. 2017. Biofilm of pathogenic Leptospira: A compromise between virulence and environmental survival? Présentation orale à la conférence de l’ILS, Palmerston North, NZ, November 2017.

Thibeaux R, Soupé-Gilbert ME, Kainiu M, Girault D, Bierque E, Fernandes J, Bähre H, Douyère A, Eskenazi N, Vinh J, Picardeau M, Goarant C. The Zoonotic Pathogen Leptospira interrogans Mitigates Environmental Stress Through cyclic-di-GMP-controlled Biofilm Production. npj Biofilms and Microbiomes 6(1):24 Texte intégral / Full text

 

MycoplasmaGen-fr

Project title  Prévalence de Mycoplasma genitalium chez les hommes consultant pour uréthrite.
Principal investigator Marion Patoureau and Patrick Blanco (Espas-CMP)
Focal point IPNC A. Tarantola
Collaborators at IPNC A. Tarantola
Other Collaborators J. Colot, M. Biron
Total budget of project 100 000 € Budget devoted to IPNC None
Funding IPNC / Province-Sud
Timeline Start date:

1st Aug 2016

 

 

End date :

December 2018

Context
The pathogenic role of Mycoplasma genitalium (MG) in non-gonococcal urethritis has recently been recognized. Azithromycin (1 gr. p.o.) is considered as the only effective drug for MG, a pathogen only identified in the early 1980s and the cause of 15-20% of non-gonococcal urethritis and 30% of recurring or persisting urethritis. Rising resistance to azithromycin has been documented. Patients referring for an STI, however, are not screened for MG. Its prevalence as a urethritis-causing pathogen and level of resistance to azithromycin are unknown in New Caledonia. Le rôle pathogène de Mycoplasma genitalium (MG) dans l’urétrite non gonococcique a récemment été reconnu. L’azithromycine (1 gr.p.o.) est considérée comme le seul traitement efficace contre MG, pathogène identifié seulement au début des années 1980 et responsable de 15 à 20% des urétrites non gonococciques et de 30% des urétrites récidivantes ou persistantes. Une résistance croissante à l’azithromycine a été documentée. Les patients référés pour une IST, ne sont cependant pas testés pour MG. Sa prévalence en tant qu’agent pathogène causant l’urétrite et le niveau de résistance à l’azithromycine sont inconnus en Nouvelle-Calédonie.
Objectives
The aim of this study is to estimate the prevalence of Mycoplasma genitalium among men referring for urethritis at the Southern Province walk-in clinic (ESPAS), associated risk factors, resistance profiles if any and the effectiveness of syndromic management. Le but de cette étude est d’estimer la prévalence de Mycoplasma genitalium chez les hommes adressés pour urétrite au centre de soin d’accès libre de la Province du Sud (ESPAS), les facteurs de risque associés, les éventuels profils de résistance et l’efficacité de la prise en charge syndromique.
Methodology
The medical team at ESPAS providing care for men who refer for urethritis complete an anonymized, standardized questionnaire. The data are entered in a computerized datasheet (EpiData), currently being validated by the entry of the first 60 questionnaires. The data will be analyzed by IPNC’s Epidemiology unit. L’équipe médicale de l’ESPAS qui prend en charge les hommes se présentant avec une’urétrite remplit un questionnaire anonymisé et standardisé. Les données sont saisies dans une fiche informatisée (EpiData), en cours de validation par l’entrée des 60 premiers questionnaires. Les données seront analysées par l’unité d’épidémiologie de l’IPNC.
Preliminary results
Validation of the EpiData computerized database Validation de la base de données informatique réalisée sur EpiData
Perspectives
Identifying risk factors associated with urethritis caused by Mycoplasma genitalium to establish a risk profile which will help guide diagnostic management Identifier les facteurs de risque associés avec une uréthrite due à MG pour établir un profile de risque permettant de guider la démarche diagnostique.

Diversité des leptospires en Nouvelle-Calédonie

Une biodiversité des leptospires inattendue dans les sols de Nouvelle-Calédonie
Principal investigateur Cyrille Goarant
Point Focal IPNC Roman Thibeaux, Cyrille Goarant
Collaborateurs IPNC Marie-Estelle Soupé-Gilbert, Dominique Girault, Emilie Bierque
Autres Collaborateurs Mathieu Picardeau, IP Paris,

Gregorio Iraola and Ignacio Ferres, IP Montevideo

Michael Meyer et Anthony Douyère, Université de la Nouvelle-Calédonie

Anna Rettinger, Ludwig Maximilian University of Munich, Munich

Budget 3000 € Budget devoted to IPNC : NA
Financement IPNC
Agenda Début: 2016 Fin: 2018

Contexte

Suite à la mise en évidence de la survie environnementale des leptospires pathogènes sur des sites de contamination humaine en Nouvelle-Calédonie, des isolements de Leptospira ont été entrepris.

Les souches infectantes n’ont pas été ré-isolées de l’environnement, mais un nombre important d’isolats a toutefois été obtenu. Les difficultés d’identification (MALDI-TOF, séquençage ARNr 16S) nous ont amené à suspecter des espèces nouvelles et à entreprendre le séquençage de leur génome complet.

Objectifs

Réaliser une étude génomique des leptospires isolés des sols Calédoniens.

Méthodes

Les isolements ont été réalisés sur le terrain à partir de prélèvements de sols ou d’eau. Les cultures liquides en milieu EMJH sont supplémentées avec une combinaison d’antibiotiques décrite pour sélectionner la croissance des leptospires (Chakraborty et al, 2011). Les cultures sont ensuite étalées sur du milieu EMJH gélosé pour l’isolement.

Les isolats sont identifiés au MALDI-TOF et par séquençage de leur génome complet. Les souches des clusters pathogène et intermédiaire sont testées en modèle animal.

Résultats

Plus de 100 isolats environnementaux ont été obtenus. Les 26 premières souches pour lesquelles le génome complet a été séquencé ont permis de montrer la présence de 12 nouvelles espèces : 3 dans le cluster des pathogènes, 5 dans les intermédiaires et 4 saprophytes.

Les souches du cluster des pathogènes se sont montrées incapables de provoquer une infection aigue chez le hamster ou un portage rénal chez la souris.

Une comparaison détaillée des core génomes et des génomes accessoires supporte l’hypothèse d’un groupe polyphylétique de leptospires peu virulents au sein du cluster des pathogènes. Ce résultat suggère, en terme d’évolution, que la virulence a été acquise indépendamment dans les deux clades pathogènes et intermédiaires.

Les résultats obtenus lors des identifications sur le MALDI-ToF confirment la valeur de cet outil pour l’identification des isolats de leptospires au niveau spécifique. La base de données de spectres de référence a été rendue publique dans le cadre d’une des publications.

Perspectives

La meilleure connaissance de la biodiversité des leptospires telluriques en Nouvelle-Calédonie contribuera d’une part à mieux comprendre l’écologie de ces bactéries. D’autre part, la disponibilité de leurs génomes complets permettra aussi d’améliorer les outils de diagnostic moléculaire de la leptospirose humaine et animale.

Les résultats préliminaires des autres isolats suggèrent d’autres nouvelles espèces.

Valorisation 

Vincent AT, Schiettekatte O, Goarant C, Neela VK, Bernet E, Thibeaux R, Ismail N, Mohd Khalid MK, Amran F, Masuzawa T, Nakao R, Amara Khorba A, Bourhy P, Veyrier FJ, Picardeau M, 2019. Revisiting the taxonomy and evolution of pathogenicity of the genus Leptospira through the prism of genomics. PLoS Negl Trop Dis 13: e0007270.

Thibeaux R, Iraola G, Ferrés I, Bierque E, Girault D, Soupé-Gilbert ME, Picardeau M, Goarant C, 2018. Deciphering the unexplored Leptospira diversity from soils uncovers genomic evolution to virulence. Microbial Genomics 4: 000144.

Communication grand public par l’Institut Pasteur

Thibeaux R, Iraola G, Ferrés I, Bierque E, Girault D, Soupé-Gilbert ME, Picardeau M, Goarant C. Of soils, Leptospira and humans. Présentation orale à la conférence de l’ILS, Palmerston North, NZ, November 2017.

Thibeaux R, Girault D, Bierque E, Soupé-Gilbert ME, Rettinger A, Douyere A, Meyer M, Iraola G, Picardeau M, Goarant C, 2018. Biodiversity of environmental Leptospira: improving identification and revisiting the diagnosis. Front. Microbiol. 9: 816.

Communication grand public par l’Institut Pasteur