MycoplasmaGen-fr

Project title  Prévalence de Mycoplasma genitalium chez les hommes consultant pour uréthrite.
Principal investigator Marion Patoureau and Patrick Blanco (Espas-CMP)
Focal point IPNC A. Tarantola
Collaborators at IPNC A. Tarantola
Other Collaborators J. Colot, M. Biron
Total budget of project 100 000 € Budget devoted to IPNC None
Funding IPNC / Province-Sud
Timeline Start date:

1st Aug 2016

 

 

End date :

December 2018

Context
The pathogenic role of Mycoplasma genitalium (MG) in non-gonococcal urethritis has recently been recognized. Azithromycin (1 gr. p.o.) is considered as the only effective drug for MG, a pathogen only identified in the early 1980s and the cause of 15-20% of non-gonococcal urethritis and 30% of recurring or persisting urethritis. Rising resistance to azithromycin has been documented. Patients referring for an STI, however, are not screened for MG. Its prevalence as a urethritis-causing pathogen and level of resistance to azithromycin are unknown in New Caledonia. Le rôle pathogène de Mycoplasma genitalium (MG) dans l’urétrite non gonococcique a récemment été reconnu. L’azithromycine (1 gr.p.o.) est considérée comme le seul traitement efficace contre MG, pathogène identifié seulement au début des années 1980 et responsable de 15 à 20% des urétrites non gonococciques et de 30% des urétrites récidivantes ou persistantes. Une résistance croissante à l’azithromycine a été documentée. Les patients référés pour une IST, ne sont cependant pas testés pour MG. Sa prévalence en tant qu’agent pathogène causant l’urétrite et le niveau de résistance à l’azithromycine sont inconnus en Nouvelle-Calédonie.
Objectives
The aim of this study is to estimate the prevalence of Mycoplasma genitalium among men referring for urethritis at the Southern Province walk-in clinic (ESPAS), associated risk factors, resistance profiles if any and the effectiveness of syndromic management. Le but de cette étude est d’estimer la prévalence de Mycoplasma genitalium chez les hommes adressés pour urétrite au centre de soin d’accès libre de la Province du Sud (ESPAS), les facteurs de risque associés, les éventuels profils de résistance et l’efficacité de la prise en charge syndromique.
Methodology
The medical team at ESPAS providing care for men who refer for urethritis complete an anonymized, standardized questionnaire. The data are entered in a computerized datasheet (EpiData), currently being validated by the entry of the first 60 questionnaires. The data will be analyzed by IPNC’s Epidemiology unit. L’équipe médicale de l’ESPAS qui prend en charge les hommes se présentant avec une’urétrite remplit un questionnaire anonymisé et standardisé. Les données sont saisies dans une fiche informatisée (EpiData), en cours de validation par l’entrée des 60 premiers questionnaires. Les données seront analysées par l’unité d’épidémiologie de l’IPNC.
Preliminary results
Validation of the EpiData computerized database Validation de la base de données informatique réalisée sur EpiData
Perspectives
Identifying risk factors associated with urethritis caused by Mycoplasma genitalium to establish a risk profile which will help guide diagnostic management Identifier les facteurs de risque associés avec une uréthrite due à MG pour établir un profile de risque permettant de guider la démarche diagnostique.

Diversité des leptospires en Nouvelle-Calédonie

Une biodiversité des leptospires inattendue dans les sols de Nouvelle-Calédonie
Principal investigateur Cyrille Goarant
Point Focal IPNC Roman Thibeaux, Cyrille Goarant
Collaborateurs IPNC Marie-Estelle Soupé-Gilbert, Dominique Girault, Emilie Bierque
Autres Collaborateurs Mathieu Picardeau, IP Paris,

Gregorio Iraola and Ignacio Ferres, IP Montevideo

Michael Meyer et Anthony Douyère, Université de la Nouvelle-Calédonie

Anna Rettinger, Ludwig Maximilian University of Munich, Munich

Budget 3000 € Budget devoted to IPNC : NA
Financement IPNC
Agenda Début: 2016 Fin: 2018

Contexte

Suite à la mise en évidence de la survie environnementale des leptospires pathogènes sur des sites de contamination humaine en Nouvelle-Calédonie, des isolements de Leptospira ont été entrepris.

Les souches infectantes n’ont pas été ré-isolées de l’environnement, mais un nombre important d’isolats a toutefois été obtenu. Les difficultés d’identification (MALDI-TOF, séquençage ARNr 16S) nous ont amené à suspecter des espèces nouvelles et à entreprendre le séquençage de leur génome complet.

Objectifs

Réaliser une étude génomique des leptospires isolés des sols Calédoniens.

Méthodes

Les isolements ont été réalisés sur le terrain à partir de prélèvements de sols ou d’eau. Les cultures liquides en milieu EMJH sont supplémentées avec une combinaison d’antibiotiques décrite pour sélectionner la croissance des leptospires (Chakraborty et al, 2011). Les cultures sont ensuite étalées sur du milieu EMJH gélosé pour l’isolement.

Les isolats sont identifiés au MALDI-TOF et par séquençage de leur génome complet. Les souches des clusters pathogène et intermédiaire sont testées en modèle animal.

Résultats

Plus de 100 isolats environnementaux ont été obtenus. Les 26 premières souches pour lesquelles le génome complet a été séquencé ont permis de montrer la présence de 12 nouvelles espèces : 3 dans le cluster des pathogènes, 5 dans les intermédiaires et 4 saprophytes.

Les souches du cluster des pathogènes se sont montrées incapables de provoquer une infection aigue chez le hamster ou un portage rénal chez la souris.

Une comparaison détaillée des core génomes et des génomes accessoires supporte l’hypothèse d’un groupe polyphylétique de leptospires peu virulents au sein du cluster des pathogènes. Ce résultat suggère, en terme d’évolution, que la virulence a été acquise indépendamment dans les deux clades pathogènes et intermédiaires.

Les résultats obtenus lors des identifications sur le MALDI-ToF confirment la valeur de cet outil pour l’identification des isolats de leptospires au niveau spécifique. La base de données de spectres de référence a été rendue publique dans le cadre d’une des publications.

Perspectives

La meilleure connaissance de la biodiversité des leptospires telluriques en Nouvelle-Calédonie contribuera d’une part à mieux comprendre l’écologie de ces bactéries. D’autre part, la disponibilité de leurs génomes complets permettra aussi d’améliorer les outils de diagnostic moléculaire de la leptospirose humaine et animale.

Les résultats préliminaires des autres isolats suggèrent d’autres nouvelles espèces.

Valorisation 

Thibeaux R, Iraola G, Ferrés I, Bierque E, Girault D, Soupé-Gilbert ME, Picardeau M, Goarant C, 2018. Deciphering the unexplored Leptospira diversity from soils uncovers genomic evolution to virulence. Microbial Genomics 4: 000144.

Communication grand public par l’Institut Pasteur

Thibeaux R, Iraola G, Ferrés I, Bierque E, Girault D, Soupé-Gilbert ME, Picardeau M, Goarant C. Of soils, Leptospira and humans. Présentation orale à la conférence de l’ILS, Palmerston North, NZ, November 2017.

Thibeaux R, Girault D, Bierque E, Soupé-Gilbert ME, Rettinger A, Douyere A, Meyer M, Iraola G, Picardeau M, Goarant C, 2018. Biodiversity of environmental Leptospira: improving identification and revisiting the diagnosis. Front. Microbiol. 9: 816.

Communication grand public par l’Institut Pasteur

 

REAGIR-fr

Acronym: REAGIR Resistance aux Pyrethroides d’Aedes aegypti : évaluation de nouveaux  insecticides candidats et étude du phénomène de réversion.
Principal investigator Isabelle DUSFOUR (Institut Pasteur de la Guyane).
Focal point IPNC Nicolas POCQUET
Collaborators at IPNC Laurent GUILLAUMOT, Morgane POL, Sosiasi KILAMA, Marine MINIER.
Other Collaborators Fabrice CHANDRE (IRD), Jean-Philippe DAVID (LECA)
Total budget of project 199 450 € Budget devoted  to IPNC : 54 746 €
Funding The National Agency for Food Safety, Environment and Work (ANSES)
Timeline Start date:
Ending 2014
End date:
End of 2017  (extended to 2018)

Contexte

Aedes aegypti est un moustique d’une importance médicale majeure en zone intertropicale, où il transmet notamment les virus de la dengue du chikungunya et du Zika. En absence de vaccins ou de traitement efficace contre ces arboviroses, le contrôle des populations d’Ae. aegypti reste indispensable. La lutte contre cette espèce est en grande partie basée sur l’utilisation d’insecticides, dont l’efficacité est aujourd’hui compromise du fait du développement de résistances aux insecticides. En dépit de l’impact de ces résistances sur l’efficacité des traitements de lutte anti-vectorielle, il n’existe que très peu de données sur l’évolution de ces résistances en l’absence de pression insecticide.

Objectifs

Dans un contexte de forte résistance d’Ae. aegypti aux insecticides dans la plupart des territoires français d’outre-mer, ce projet vise à (i) identifier de nouvelles substances actives utilisables et (ii) mieux comprendre l’évolution de la résistance aux pyréthrinoïdes au sein des populations de cette espèce soumissent à différentes pressions de sélection.

Méthodes

Tâche 1 : échantillonnage des populations et évaluation de leurs niveaux de résistance à la deltaméthrine.

Tâche 2 : criblage de nouveaux adulticides par bio-essais sur des souches d’Ae. aegypti de laboratoires.

Tâche 3 : évaluation des possibilités de réversion de la résistance à la deltaméthrine. Quatre lignées sont élevées en parallèle sur une dizaine de générations et sous différentes conditions de pression insecticide.

Tâche 4 : évaluation de la contre-sélection de la résistance à la deltaméthrine sur des lignées résistantes soumises à deux nouvelles molécules insecticides (identifiées en tâche 2).

Tâche 5 : suivi de l’évolution de la résistance à la deltaméthrine et des mécanismes impliqués (i.e. mutation de cible, expression des gènes de détoxication) sur les lignées expérimentales des tâches 3 et 4.

Résultats

Les populations de Guyane se sont avérées beaucoup plus résistantes à la deltaméthrine que celles de Nouvelle-Calédonie (NC). En absence de pression insecticide, le niveau de résistance à la deltaméthrine n’a que faiblement diminué en NC. En revanche, l’introduction régulière d’individus sensibles a eu un effet bénéfique sur la réduction du niveau de résistance. Le suivis des mécanismes de résistance montre une faible implication des mutations kdr en NC (1011M et 1534C), mais une nette corrélation entre les niveaux de résistance et d’expression de certaines oxydases, notamment CYP9J28. Malheureusement, la majorité des candidats insecticides ce sont avérés peux efficaces en Tâche 2.

Perspectives

Le projet souhaite apporter des réponses aux problématiques auxquelles sont confrontés les opérateurs de la Lutte Anti-Vectorielle dans le monde, à savoir le faible nombre de molécules utilisables et le développement de résistances aux pyréthrinoïdes. A terme, ce projet pourrait permettre de proposer une stratégie de gestion de la résistance à cette famille d’insecticide chez Ae. aegypti.

DenVect

Acronyme: DenVect Compétence vectorielle d’Aedes aegypti pour les virus de la dengue, Nouvelle-Calédonie
Checheur principal O. O’Connor
Point focal IPNC O. O’Connor, M. Dupont-Rouzeyrol
Collaborateurs IPNC C. Inizan, N. Pocquet
Budget 8380 € Budget devoted to IPNC:
Financement IPNC
Agenda Date de début : Août 2016 Date de fin:  Juillet 2017
Contexte
La survenue des épidémies de dengue nécessite trois acteurs clés : l’agent pathogène (c’est-à-dire le virus), le vecteur (Aedes sp.) et l’hôte humain. En Nouvelle-Calédonie, Ae. aegypti est le principal vecteur (le seul avéré à ce jour) des arbovirus. Depuis la Seconde Guerre mondiale, la NC a été régulièrement touchée par des épidémies de dengue avec une circulation cyclique des quatre sérotypes de DENV. Cependant, au début de l’an 2000, ce modèle a changé avec la persistance du DENV-1. Ces observations suggèrent que notre vecteur local est compétent pour le DENV. Cependant, sa capacité à être infecté par le DENV, lui permettant de reproduire et de transmettre le virus à l’hôte humain, n’a pas encore été étudiée.
Objectifs
L’objectif de ce projet est d’étudier la capacité des Ae. aegypti néo-calédoniens à transmettre les différents sérotypes DENV, en lien avec le profil épidémiologique observé.
Méthodes
 

Sélection des souches de DENV à partir de la bio-banque et production des stocks viraux : une souche du DENV de chaque sérotype/génotype sera sélectionnée dans la bio-banque de l’IPNC selon l’année épidémique de circulation. Celles-ci seront amplifiées sur cellules C6/36 (pas plus de 3 passages). La quantification virale se fera par immunofluorescence sur cellules C6/36.

Caractérisation phénotypique des souches de DENV représentatives chez le vecteur : une population de génération F1 d’Ae. aegypti sera utilisée pour les études de compétence vectorielle menées sur chaque souche de DENV sélectionnées. Deux expériences indépendantes seront réalisées avec toutes les souches virales. Les taux d’infection, de dissémination et de transmission seront mesurés à 7 et 14 jours post-gorgement. L’analyse des échantillons sera réalisée comme précédemment.

Résultats
Les stocks viraux de DENV 1 à 4 ont été réalisés et les virus ont été caractérisés phylogénétiquement. Les deux expériences indépendantes de compétence vectorielle ont été menées sur l’ensemble des souches de DENV. L’analyse des indices mesurés est en cours. Les résultats préliminaires obtenus sur la première expérience montrent que le vecteur calédonien est capable de transmettre le DENV. Une transmission du DENV-1/GI et du DENV-4 est observée dès 7 jours post-infection avec des taux respectifs de 20% et 33%. A 14 jours post-infection, une efficacité comprise entre 12,5 et 22% est observée pour l’ensemble des souches de DENV.
Perspectives
En Nouvelle-Calédonie, le contexte est particulièrement bien adapté pour étudier la dynamique de transmission de la dengue étant donné qu’Ae. aegypti est le seul vecteur avéré et que nous avons une bonne connaissance de l’épidémiologie de la dengue. Ainsi, ce projet nous permettra d’avoir une vision globale de la capacité vectorielle d’Ae. aegypti à un moment donné, ce qui est un point important pour mieux comprendre la transmission et la dynamique des épidémies de dengue en Nouvelle-Calédonie.

DenGen

Acronyme: DenGen

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Remplacement du génotype du virus de la dengue: étude des différences virales conduisant à l’évolution des épidémies de dengue

 

Chercheur principal M. Dupont-Rouzeyrol
Focal point IPNC O. O’Connor / M. Dupont-Rouzeyrol
Collaborateurs IPNC N. Pocquet
Autres collaborateurs L. Lambrechts (IP), V. Duong (IPC), P. Dussart (IPC)
Budget 50 000 € Budget devoted to IPNC: 21 200 €
Financements Actions Concertées Inter Pasteuriennes (ACIP)
Timeline Date de début : Jan 2017 Date de fin : December 2018
Contexte
Des analyses phylogénétiques ont révélé que la dynamique évolutive du virus de la dengue (DENV) est souvent caractérisée par le remplacement d’un génotype du DENV par un autre génotype du même sérotype. De tels remplacements génotypiques sont épidémiologiquement significatifs car ils peuvent être associés à des modifications de la sévérité de la maladie et de l’immunité humaine. Cependant, les mécanismes sous-jacents à ce renouvellement du génotype de DENV dans la nature restent mal définis.
Objectifs
Les objectifs spécifiques de cette étude, menée dans deux contextes épidémiologiques différents: une zone hyper-endémique: Cambodge, et une zone épidémique: Nouvelle-Calédonie (NC), sont : i) étudier in vivo le rôle potentiel de la sélection dirigée par le vecteur dans les remplacements génotypiques du DENV ; ii) étudier in vitro la capacité relative des génotypes du DENV à se répliquer et à produire des ARN subgénomiques du flavivirus.
Méthodes
 

Dynamique évolutive du DENV en NC et au Cambodge: environ 20 souches par an depuis 2009 seront sélectionnées. Le gène E sera séquencé afin de déterminer l’appartenance du génotype. Sur la base de ces résultats, cinq souches représentatives par sérotype / génotype seront sélectionnées pour le séquençage du génome entier.

Fitness compétitive du DENV in vivo par des analyses de compétence vectorielle: Deux souches de DENV par génotype seront sélectionnées pour l’expérience de compétition. Une génération F1 ou F2 d’Ae. aegypti sera mise en contact avec différents ratios des deux souches du DENV. Les taux d’infection, de dissémination et de transmission seront mesurés aux jours 7 et 14 après l’exposition. La quantification virale des deux génotypes sera effectuée par RT-qPCR.

Fitness réplicatif du DENV in vitro: La cinétique de réplication de souches représentatives du DENV et la production de sfRNA seront observées pendant 5 jours sur des cellules de mammifères. La quantification de l’ARN sera effectuée comme précédemment.

Résultats
Toutes les souches du DENV (NC et Cambodge) ont été obtenues après moins de trois passages sur des cellules C6/36. Elles ont toutes été envoyées à l’IP pour le séquençage à haut débit du génome complet. Celui-ci est en cours de réalisation.
Perspectives
Ce projet nous permettra de mieux comprendre les mécanismes évolutifs qui sous-tendent les remplacements de génotypes du DENV typiquement observés au cours des épidémies de dengue.

Sévérité de la dengue 2017

Dengue 2017, Investigations des cas sévères : Dengue Sévérité
Chercheur principal M. Dupont-Rouzeyrol
Point focal IPNC  M. Dupont-Rouzeyrol
Collaborateurs IPNC A. Tarantola, C. Inizan, M. Minier, O. O’Connor
Autres collaborateurs E. Simon-Lorière, A. Sakuntabhai (IPP), E. Descloux, M. Sérié, M.-A. Goujart,, A.-C. Gourinat (CHT), C. Forfait, A. Pfannstiel (DASS-NC).
Budget Budget devoted to IPNC 
Financements IPNC, IPP, CHT, NC
Calendrier Date de début : Sept.2017 Date de fin : Sept. 2018
Contexte
Avec 4 401 cas de dengue (2 548 confirmations biologiques), 579 cas hospitalisés et 11 décès entre le 1er Janvier et le 8 Octobre 2017, l’épidémie de dengue 2016-2017 en Nouvelle-Calédonie (NC) était considérable. De plus, elle était associée à un pourcentage accru d’admission à l’hôpital et des présentations cliniques sévères (atteintes hépatiques, complications ophtalmiques…) L’augmentation du nombre de décès et a fortiori les formes hépatiques rares observées au cours de cette épidémie pourraient être liées à des caractéristiques particulières des virus, des patients ou encore de la réponse hôte-pathogène.
Objectifs
Déterminer dans quelle mesure les présentations sévères d’infection par le virus de la dengue étaient associées à des caractéristiques particulières telles que le génotype viral et son tropisme hépatique, les comorbidités des patients ou encore des infections antérieures par les virus de la dengue et du Zika.
Méthodes
La poursuite de leur participation ainsi qu’un échantillon sanguin supplémentaire seront demandés aux patients déjà inclus dans l’étude ArboVirtuess.

-Sélection de 50 séra de 2017 et des années antérieures : 1/3 de formes sévères versus 2/3 de formes non-sévères

-Etudes phylodynamiques basées sur un séquençage en génome complet. Recherche de variations des quasi-espèces virales

-Analyse comparative du tropisme hépatiques des souches virales représentatives de l’épidémie de 2016-2017 versus celles des années antérieures

-Caractérisation des séra : historique d’infections antérieures par des arbovirus, impact d’une immunité humorale préexistante sur la réplication du virus de la dengue dans des monocytes humains (ADE)

Résultats préliminaires
L’approbation éthique pour le rappel des patients a été obtenu et les séra ont été sélectionnés et collectés. Les ARN viraux ont été extraits des séra et le séquençage de leurs génomes complets est en court. En parallèle, les virus contenus dans ces séra sont en cours d’isolation sur cellules de moustique C6/36 et seront prochainement titrés. Les conditions expérimentales de l’infection des cellules hépatiques et de l’ADE ont été mises au point et sont en cours de validation. La caractérisation du tropisme hépatique des virus et la capacité inhibitrice/potentialisante des séra sera prochainement initiée.
Perspectives
Cette étude pourra mettre en évidence une évolution des virus responsables des cas sévères par rapport aux cas non-sévères, en lien avec une modification de leur tropisme hépatique. De plus, ce projet fournira une caractérisation inédite de l’impact des anticorps anti-Zika sur l’infection par le virus de la dengue. Dans l’ensemble, ce projet permettra de comprendre pourquoi l’épidémie de dengue de 2017 a été inhabituellement sévère. L’étude de l’influence d’une immunité anti-Zika préexistante sur la sévérité de la dengue pourra être utile aux territoires présentant une situation épidémiologique similaire, suggérant un nouvel indicateur permettant d’estimer le risque de progression vers une dengue sévère.