VecPae

Acronym : VECPAE Les vecteurs des arboviroses dans le Pacifique: diversité, distribution et outils d’identification d’ Aedes sp. pour la santé publique.
Chercheur principal Nicolas POCQUET
Point focal IPNC Nicolas POCQUET
Collaborateurs IPNC Morgane POL, Sosiasi KILAMA, Myrielle DUPONT-ROUZEYROL.
Autres Collaborateurs Hervé BOSSIN (ILM), Van-Mai CAO-LORMEAU (ILM), Mike KAMA (MoH Fiji), Esau NAKET (MoH Vanuatu), Matthew SHORTUS (WHO)
Budget 60 000€ Budget devoted to IPNC: 60 000€
Financement Pacific Fund (30 000€), IPNC (30 000€)
Agenda Date de début : Oct. 2017 Date de fin: Mars 2019
Contexte
Les maladies à transmission vectorielle constituent un problème majeur de santé publique dans le Pacifique. En plus de la dengue, ces cinq dernières années ont vu l’émergence des virus du chikungunya et du Zika dans le Pacifique Sud. Ces différents virus sont transmis par des moustiques du genre Aedes (sous-genre Stegomyia) dont un grand nombre d’espèces sont présentes dans le Pacifique. Identifier ces espèces dans les différents Etats et Territoires Insulaires Océaniens (ETIOs) est un préalable indispensable à l’évaluation du risque pour la population et à l’élaboration d’une stratégie de lutte adaptée. Malheureusement, la plupart de ces espèces appartiennent au groupe scutellaris et sont morphologiquement très semblables. Leurs identifications nécessitent donc une expertise importante qui n’est pas toujours disponible sur place.
Objectifs
Le présent projet propose de répondre à ce besoin en i) renforçant les capacités d’identification des moustiques Aedes vecteurs dans les territoires partenaires (Vanuatu et Fidji), ii) en mettant à jour les connaissances sur la distribution des vecteurs d’arbovirus au Vanuatu, à Fidji, en Polynésie Française et en Nouvelle-Calédonie, et iii) en développant un outil d’identification rapide de ces moustiques vecteurs à destination de l’ensemble des ETIOs, basé sur l’utilisation des outils modernes d’identification (Biologie Moléculaire et Spectrométrie de masse Maldi-Tof).
Méthodes
 

Tâche 1: Transfert de compétence. Deux missions de formation en entomologie seront réalisées à Fidji et au Vanuatu.

Tâche 2 : Distribution des vecteurs. Lors de ces missions à Fidji et au Vanuatu, un inventaire des espèces d’Aedes du groupe scutellaris sera réalisé. Le même type d’inventaire sera réalisé en Nouvelle-Calédonie et en Polynésie Française respectivement par l’IPNC et l’ILM. Les moustiques collectés seront identifiés et conservés pour la suite du projet.

Tâche 3 : Développement d’un outil d’identification. Cette partie du projet vise à développer un outil rapide et fiable d’identification des espèces d’Aedes du groupe scutellaris. Pour cela, le séquençage d’un gène permettant la différentiation des espèces entre elles sera réalisé pour des individus de chaque espèce et de chaque localité, capturés lors des missions de terrain. Grâce aux séquences obtenues, une PCR en temps-réel en point final sera développée, afin de disposer d’un outil d’identification plus rapide et moins couteux que le séquençage.

Enfin, un outil d’identification rapide sera développés grâce à la spectrométrie de masse Maldi-Tof. Cet outil permet d’obtenir un spectre protéique spécifique d’une espèce, et ce en un temps très court et pour un coût relativement faible

Résultats attendus
A l’issue du projet, nous disposerons donc d’une base de données associant, pour plusieurs individus de chaque espèce retrouvée, i) description morphologique, ii) séquence du gène d’intérêt et iii) profil protéique généré en spectrométrie de masse.
Perspectives
Ce partenariat Fidji, Vanuatu, Polynésie Française et Nouvelle-Calédonie dans un premier temps, qui pourra par la suite être étendu aux autres ETIOs, permettra d’anticiper le risque sanitaire pour la région.

VIP

Acronyme: VIP Les particules défectives interférentes de la dengue sont-elles interférentes? 
Chercheur pincipal C. Inizan
Point focal IPNC C. Inizan / M. Dupont-Rouzeyrol
Collaborateurs IPNC O. O’Connor
Autres collaborateurs  
Budget 8 275 € Budget devoted to IPNC  : NA
Financements IPNC
Agenda Date de début :Mars 2017 Date de fin : Février 2018
Contexte
Au cours de la réplication virale, des erreurs de la polymérase peuvent générer des génomes incomplets, qui sont encapsidés dans des Particules Virales Défectueuses (PVD). Répliquées et propagées lors de la co-infection avec des virions fonctionnels, ces PVD peuvent affecter la physiopathologie de l’infection : inhibition de la réplication virale, modulation de la réponse immunitaire de l’hôte et contribution à la persistance de l’infection. Dans le cas du virus de la dengue (DENV), des PVD ont été détectées à la fois chez les humains et les moustiques Aedes vecteurs de l’infection. Elles pourraient constituer un régulateur naturel de la virémie des patients, et ainsi influer sur le devenir et la résolution de l’infection.
Objectifs
Cette étude vise à évaluer le rôle des PVD dans la régulation de la virémie chez les patients. Elle se base sur (1) la caractérisation et la quantification des PVD dans des séra de patients de la dengue, en lien avec leur virémie, et (2) la mesure in vitro de l’impact des PVD sur la réplication du DENV.
Méthodes
Caractérisation moléculaire des PVD dans des séra de patients de la dengue en Nouvelle-Calédonie :

-Evaluation de la virémie des patients par infections in vitro et PCR en temps réel

-Quantification et analyse du « profil » des ARN subgénomiques des PVD présents dans les séra des patients par PCR en temps réel

– Séquençage des ARN subgénomique des PVD présents dans les séra des patients

Mesure in vitro de la modulation de la réplication du DENV par les PVD :

-Production et purification de PVD par infections in vitro et ultracentrifugation

-Quantification par PCR en temps réel de l’impact des PVD sur la réplication in vitro du DENV en cellules humaines

Résultats préliminaires
Le titre viral infectieux de cinquante séra de patients de Nouvelle-Calédonie infectés par le génotype I du sérotype 1 du DENV a été évalué par des infections in vitro. En parallèle, l’ARN viral a été extrait de ces séra. Les analyses de biologie moléculaire sont en cours de mise au point et devraient permettre de prochainement quantifier et séquencer les ARN subgénomiques des PVD.
Perspectives
Par l’implémentation d’outils de détection et de purification des PVD, ce projet ouvre la voie à une étude plus large sur le rôle des PVD dans le cycle naturel du DENV, qui mesurera leur impact sur la physiopathologie et la transmission du DENV. L’étude de l’impact des PVD sur la virémie permettra d’envisager leur quantification dans le sérum des patients comme un outil pronostic de la sévérité de l’infection.

Convention de transfert d’activité et de mutualisation de moyens

Le lundi 22 mai 2017 le directeur général de l’Institut Pasteur et le directeur du Centre hospitalier territorial  se sont retrouvés à Paris pour la signature de la convention de transfert d’activité et de mutualisation de moyens,.

L’objet de la convention est :

  • de prendre acte du transfert des activités du Laboratoiresignature6 de Biologie Médicale et du Laboratoire d’Hygiène Environnement, réalisé le 1° novembre 2016 et d’en sécuriser les conséquences
  • de définir les modalités de collaboration et de mutualisation des moyens entre l’IPNC et le CHT au regard des missions de l’IPNC telles que résultant de la convention du 28 décembre 1989 modifiée par avenant en date du 1° mars 2017.

R_Zero

Acronym : R-Zero Risk factors for Zika virus Emergence and Recurrent Outbreaks within the Pacific area.
Checheur Principal  VM. Cao-Lormeau (ILM)
Point focal IPNC  M. Dupont-Rouzeyrol
IPNC collaborateurs D. Girault, A. Tarantola
Autres collaborateurs Ministère de la santé de Fidji, Samoa et Yap, Institut Pasteur, London School of Hygiene and Tropical Medicine, Queensland University of Technology
Budget 32 000€
(phase 1)
Budget alloué à l’IPNC  3 000 €
Financements Fonds Pacifique + chaque institution
Agenda date de début : Juillet 2017 date de fin : Juillet 2018 
Contexte
En 2014, le Zika (ZIKV) émergeait dans la région Pacifique et diffusait dans le monde. Début 2016, l’OMS a déclaré l’épidémie de ZIKV une urgence de santé publique internationale en lien avec les conséquences neurologiques graves observées suite à une infection par le ZIKV. Depuis, le nombre de pays ayant déclaré une épidémie de Zika n’a eu de cesse d’augmenter, illustrant que l’expansion géographique du ZIKV est un processus toujours en cours et ce même dans la région. De plus, la réapparition du ZIKV dans les Etats Fédérés de Micronésie, à Kosrea, 8 ans après l’épidémie de Yap, illustre le risque de récurrence d’épidémie dans des zones précédemment exposées.
Objectifs
Le présent projet a pour objectif global d’identifier les facteurs de risque d’émergence et de récurrence d’épidémies de Zika dans le Pacifique, en se focalisant plus particulièrement sur l’immunité de communauté anti-Zika.
Méthodes
 

Caractérisation de la réponse immunitaire mémoire contre le ZIKV – persistance et possible interférence avec la dengue

Immunité de communauté contre le ZIKV – statut et évolution dans 4 sites du Pacifique

Dynamique épidémique du Zika – facteurs de risque d’émergence et de récurrence d’épidémie

Perspectives
Ce projet doit contribuer à apporter des informations cruciales sur la persistance de l’immunité protectrice contre le virus Zika chez des patients infectés. Il doit également permettre d’évaluer le niveau d’exposition et d’immunité des populations du Pacifique au virus Zika.
Valorisation 
Communication : M. Dupont-Rouzeyrol, R-Zero Workshop, Tahiti, 2017 (Oral)

ZikAlliance

Acronyme : ZikAlliance Alliance mondiale pour le contrôle du virus  Zika et sa prévention.

https://zikalliance.tghn.org/

Chercheur principal X. de Lamballerie (Inserm)
Point focal IPNC M. Dupont-Rouzeyrol
Collaborateurs IPNC N. Pocquet, O. O’Connor, M. Minier
Autres collaborateurs AB. Failloux (IP), ZikAlliance consortium, task 6.2
Budget 11.9M€ Budget devoted to IPNC: 30 000 €
Financements H2020
Agenda Date de début :Jan. 2017 Date de fin : Decembre2019
Contexte
En 2014, le Zika (ZIKV) émergeait dans la région Pacifique et diffusait dans le monde. Début 2016, l’OMS a déclaré l’épidémie de ZIKV une urgence de santé publique internationale en lien avec les conséquences neurologiques graves observées suite à une infection par le ZIKV. Le projet ZikAlliance est un vaste projet qui a pour objectifs d’étudier le virus Zika et ses conséquences à différentes échelles et à travers différents environnements. L’IPNC est partenaire de ce projet et est impliqué dans le WP6 : Vecteurs et plus particulièrement la partie compétence vectorielle. Les objectifs présentés ici correspondent uniquement à la tâche dans laquelle l’IPNC est partenaire.
Objectifs
Evaluer la compétence vectorielle de différents moustiques, de différents environnements (Amérique, Asie, Europe, Pacifique) pour différentes lignées de virus Zika.
Méthodes
 

 

Homogénéisation des protocoles.

Génération des populations F1 d’Aedes aegypti et Culex quinquefasciatus de Nouvelle-Calédonie.

Production des stocks de virus Zika, différentes lignées.

Réalisation des expériences d’infections expérimentales : mesure des paramètres infection, dissémination et transmission.

Analyse des résultats à l’échelle globale.

Résultats
Deux populations d’Ae. aegypti (Nouméa et Koné) ont été récoltées et générées. Les ZIKV lignée africaine et lignée asiatique/américaine ont été réceptionnés. Les infections expérimentales sont programmées pour le premier semestre 2018.
Perspectives
Mieux connaître la capacité de transmission des différents vecteurs pour les différentes lignées est nécessaire à l’évaluation du risque et à la mise en place de méthodes de lutte et de prévention plus ciblées et plus performantes.
Valorisation
Publications : Dupont-Rouzeyrol et al, In press, Calvez et al, submitted ; Boyer et al, submitted; Simon et al, submitted ; Calvez et al, in prep.

 

InfraVec2

Acronym: INFRAVEC 2

Programme de mise à disposition d’infrastructure de recherche  sur les maladies humaines et animales à transmission vectorielle
Chercheur principal Institut Pasteur
Point focal IPNC Nicolas Pocquet,
Collaborateurs IPNC Myrielle Dupont-Rouzeyrol, Olivia O’Connor, Morgane Pol, Sosiasi Kilama
Autres Collaborateurs 24 consortium partners (IP, UG, POLOGGB, IRD, IPNC, CUNI, CIRAD, Imperial, IRTA, EMBL, TPI, CAA, Trop IQ, MPIIB, FORTH, RUMC, UNS-FA, UZH, LSTM, IPD, USTTB, HSeT, WU, CNRFP).
Budget 10 000 000 € Budget allloué à l’IPNC: 78 860 €
Financement European Commission Horizon 2020
Agenda Date de début: Mars 2017 Date de fin : 2020
Contexte
Les insectes vecteurs transmettent des maladies parasitaires, telles que le paludisme et la leishmaniose, et des infections virales, telles que le chikungunya, la dengue, le zika, l’encéphalite japonaise et la fièvre jaune. Les 24 partenaires du consortium détiennent les principaux insectariums européens de biosécurité pour l’infection expérimentale et le confinement des insectes vecteurs dans des conditions de confinement de niveau 2 et 3 (CL2 / CL3), d’autres installations clés pour les insectes vecteurs et comprennent des sites en première ligne en Afrique, dans le Pacifique et aux Amériques.
Objectifs
Le projet Infravec2 fournit aux chercheurs des ressources et un accès aux infrastructures clés pour l’étude de la biologie des insectes vecteurs, sans frais pour l’utilisateur final. L’objectif est d’accélérer la recherche européenne sur la biologie des insectes vecteurs et de développer de nouvelles mesures de lutte anti-vectorielle ciblant les plus grandes menaces pour la santé humaine et la production animales.
Méthodes
 

Dans le cadre de ce projet, l’IPNC propose un accès à son laboratoire de niveau 2+ pour la réalisation d’infection expérimentales sur Aedes aegypti, et de fournir des moustiques morts (Ae. aegypti ou Culex quinquefasciatus) ou des pontes d’Ae. aegypti.

L’IPNC est également en charge de la création d’une souche de référence d’Ae. aegypti dont le microbiote sera caractérisé au début de la mise en élevage et au cours des générations.

Perspectives
Infravec2 permettra d’optimiser l’exploitation des infrastructures européennes de recherche sur les vecteurs, pour la recherche et la santé publique, et facilitera le développement de méthodologies et de technologies innovantes dans ce domaine.